Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego | USOSownia - uniwersyteckie forum USOSoweNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Algorytmy w genomice obliczeniowej (wspólne z 1000-1000-719GP2)

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-2M12AGO Kod Erasmus / ISCED: 11.3 / (0612) Database and network design and administration
Nazwa przedmiotu: Algorytmy w genomice obliczeniowej (wspólne z 1000-1000-719GP2)
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty monograficzne dla III - V roku informatyki
Przedmioty obieralne dla informatyki
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

monograficzne

Skrócony opis:

Celem wykładu jest zapoznanie studenta wybranymi z modelami, algorytmami i narzędziami stosowanymi w genomice porównawczej ze szczególnym uwzględnieniem drzew i ich zastosowaniem w różnych kontekstach.

Planowane ćwiczenia będą częściowo formie laboratorium komputerowego.

Pełny opis:

1. Wprowadzenie. Podstawowe pojęcia, geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji (2 wykłady).

2. Modele ewolucji sekwencji (1 wykład)

3. Maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów (2 wykłady)

4. Metody bayesowskie (1-2 wykłady)

5. Drzewa konsensusowe i superdrzewa (2 wykłady)

6. Metody klastrowania hierarchicznego (1 wykład)

7. Drzewa uzgadniające, sieci filogenetyczne, horyzontalny transfer (2-3 wykłady).

8. Drzewa i tablice sufiksowe (1-2 wykłady).

Założenia znajomość podstaw algorytmiki, umiejętności programistyczne (np. python, c/c++ lub java)

Literatura:

1. Inferring Phylogenies Joseph Felsenstein

2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna,

3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, .

Efekty kształcenia:

ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04)

potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07)

Metody i kryteria oceniania:

Ocena na podstawie: egzamin pisemny 60% + obowiązkowy projekt zaliczeniowy 35% + prezentacja projektu 5%.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2016/17" (zakończony)

Okres: 2016-10-01 - 2017-01-27
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Norbert Dojer
Prowadzący grup: Norbert Dojer, Aleksandra Jarmolińska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/18" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2018-02-18 - 2018-06-08

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Górecki
Prowadzący grup: Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.