Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego | USOSownia - uniwersyteckie forum USOSoweNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Wstęp do biologii obliczeniowej

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-2N03BO Kod Erasmus / ISCED: 11.303 / (0612) Database and network design and administration
Nazwa przedmiotu: Wstęp do biologii obliczeniowej
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty kierunkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Przedmioty monograficzne dla III - V roku informatyki
Przedmioty obieralne dla informatyki
Przedmioty obieralne stałe dla informatyki
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

monograficzne

Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z tematyką intensywnie rozwijanej ostatnio dziedziny jaką jest molekularna biologia obliczeniowa. Na wykładzie zostanie położony nacisk na metody algorytmiczne analizy danych genetycznych oraz modele matematyczne stosowane w opisie zjawisk molekularnych. Wykład umożliwi udział w innych zajęciach monograficznych z tej dziedziny proponowanych na wydziale i ewentualne zaangażowanie się w prowadzone projekty badawcze.

W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku.

Pełny opis:

1. Wprowadzenie "biologiczne": podstawowe wiadomości na temat biologii molekularnej; budowa kwasów nukleinowych i białek; główne procesy zachodzące w komórce (2 wykłady).

2. Analiza sekwencji molekularnych: algorytmy uliniowienia dwóch sekwencji (uliniowienie lokalne i globalne) (2 wykłady).

3. Matematyczne modele ewolucji molekularnej: Model Jukes-Cantora, Kimury dla sekwencji DNA, tablice substytucyjne aminokwasów dla białek: PAM, BLOSUM, statystyczna istotność uliniowień (3 wykłady).

4. Ukryte modele Markowa i ich zastosowania - algorytmy Viterbiego I Bauma Welsha. (2 wykłady).

5. Uliniowienie wielu sekwencji (programowanie dynamiczne, `star alignment', `tree alignment'), efektywne heurystyki: CLUSTALW, Tcoffee, MAFFT. (2 wykłady).

6. Uliniowienie na skalę całych genomów. (1 wykład).

7. Wstęp do filogenetyki. (2 wykłady).

W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku.

Literatura:

1. A. Malcolm Campbell. Laurie J. Heyer, Discovering Genomics, Proteomics, and Bioinformatics, Pearson Education 2003.

2. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, Cambridge Univ. Press, 1997.

3. P. Pevzner, Computational Molecular Biology, The MIT Press, 2000.

4. Ewens, W.J. , Grant, G., Statistical Methods in Bioinformatics, Springer 2001.

Efekty kształcenia:

Wiedza:

1. Ma ogólna wiedzę o problemach biologii obliczeniowej.

2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzedzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych.

Umiejętności:

1. Potrafi wykonać proste analizy bioinformatyczne dla sekwencji molekularnych.

2. Potrafi wykorzystywać zaawansowane narzędzia bioinformatyczne.

Kompetencje:

1. Zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia (K_K01)

2. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K05)

3. Potrafi korzystać z interdyscyplinarnej literatury

Metody i kryteria oceniania:

Egzamin ustny.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2016/17" (zakończony)

Okres: 2017-02-18 - 2017-06-08
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Górecki
Prowadzący grup: Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/18" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2018-02-18 - 2018-06-08

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bartosz Wilczyński
Prowadzący grup: Bartosz Wilczyński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.