Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego Nie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Biologia molekularna 1400-215BM
Ćwiczenia (CW) Semestr zimowy 2020/21

Informacje o zajęciach (wspólne dla wszystkich grup)

Liczba godzin: 60
Limit miejsc: (brak limitu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Tryb prowadzenia: mieszany: w sali i zdalnie
Metody i kryteria oceniania:

Student ma obowiązek uczestniczyć zarówno w ćwiczeniach prowadzonych stacjonarnie (w sali), jak i zdalnie. Zajęcia (ćwiczenia) są zaliczane jeśli student: (i) uczestniczył w co najmniej 85% wszystkich zajęć; (ii) pracował na zajęciach w sposób pozwalający pozytywnie ocenić wiedzę, umiejętności i kompetencje społeczne, jakie w toku zajęć uzyskał (opisane w sylabusie jako przedmiotowe efekty kształcenia); (iii) zaliczył pisemne kolokwium.

Szczegółowe warunki zaliczenia zajęć: (i) obecność i aktywny udział w zajęciach stacjonarnych i zdalnych; (ii) wykonanie zadań zleconych do samodzielnego opracowania między zajęciami; (iii) zaliczenie pisemnego kolokwium (zawiera zarówno pytania testowe jak i otwarte). Kolokwium zostanie przeprowadzone w formie zdalnej. Aby zaliczyć kolokwium, należy uzyskać ponad połowę możliwych do zdobycia punktów.

Zakres tematów:

Endonukleazy restrykcyjne i enzymy służące do modyfikacji DNA. Rekombinacja DNA, klonowanie. Metody wprowadzania DNA do komórek bakteryjnych. Przygotowanie komórek kompetentnych i transformacja bakterii. Wektory plazmidowe. Antybiotyki stosowane w biologii molekularnej. Izolacja DNA plazmidowego, jego elektroforeza, oraz ocena czystości i jakości. Zastosowanie elementów operonu laktozowego Escherichia coli w klonowaniu. Metody selekcji zrekombinowanego DNA, alfa-komplementacja. Represja kataboliczna.

Izolacja rekombinowanego białka enzymatycznego wyrażanego w komórkach bakterii E. coli, metodą chromatografii powinowactwa do immobilizowanego metalu. Ocena jakości otrzymywanych preparatów białkowych: i) oznaczenie aktywności katalitycznej enzymu; ii) analiza czystości preparatu metodą elektroforezy w żelu poliakrylamidowym z SDS (porównanie różnych metod barwienia żeli: błękitem Coomassie R-250, srebrem i barwnikiem fluorescencyjnym); iii) identyfikacja immunologiczna metodą Western (porównanie różnych metod wizualizacji powstających kompleksów antygen - przeciwciało, zastosowanie przeciwciał drugorzędowych sprzężonych z alkaliczną fosfatazą i peroksydazą z chrzanu oraz różnych metod detekcji, w tym wzmocnionej chemiluminescencji).

Organizmy modyfikowane genetycznie na przykładach roślin transgenicznych – sposób otrzymania i wykorzystanie. Wykonanie transformacji przejściowej roślin tytoniu przez infiltrację liści hodowlą bakterii Agrobacterium tumefaciens, niosącą konstrukt genetyczny z genem markerowym.

Na zajęciach zostaną przedstawione najczęściej stosowane w biologii geny repotrerowe, jak białko zielonej fluorescencji (GFP), lucyferaza, glukouronidaza (GUS), itp. Zostaną omówione także metody badania oddziaływań z zastosowaniem genów reporterowych, jak drożdżowy system dwuhybrydowy, FRET (Föster Resonance Energy Transfer), BiFC (Bimolecular fluorescence complementation). Podczas ćwiczeń przeprowadzone zostanie doświadczenie polegające na przejściowej transformacji roślin i obserwacji ekspresji wprowadzonego genu poprzez obserwację białka zielonej fluorescencji z zastosowaniem mikroskopu fluorescencyjnego. Konstrukty używane podczas ćwiczeń zawierają geny kodujące fuzje translacyjne GFP z białkami występującymi w różnych częściach komórki. Pozwoli to na analizę lokalizacji tych białek. Podczas ćwiczeń zostaną także przeprowadzone obserwacje roślin wyrażających gen glukouronidazy pod kontrą różnych specyficznych tkankowo promotorów.

Na zajęciach zostanie omówiona technika PCR w czasie rzeczywistym (RealTime PCR), zasady działania, w tym specyficzna i niespecyficzna detekcja kwasów nukleinowych oraz zagadnienia związane z planowaniem eksperymentu takie jak wybór genów referencyjnych oraz projektowanie oligonukloetydów. Przedstawione zostaną warianty metody oraz możliwe zastosowanie.

Metody biologii molekularnej stosowane w analizach mutantów oraz linii transgenicznych Arabidopsis. Genetyka roślin – podejście forward i reverse w pracy z modelową rośliną Arabidopsis thaliana, metody mutagenezy Arabidopsis, badania przesiewowe mutantów oraz mapowanie mutacji punktowych i insercyjnych (m.in. analiza PCR sekwencji polimorficznych w dwóch ekotypach Arabidopsis).

Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia będą prowadzone w systemie mieszanym, częściowo w sali, częściowo zdalnie. Szczegółowy grafik zajęć dla każdej grupy zostanie przedstawiony przed rozpoczęciem zajęć.

Grupy zajęciowe

zobacz na planie zajęć

Grupa Termin(y) Prowadzący Miejsca Akcje
1 każdy czwartek, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 219D
każdy wtorek, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 219D
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 12/16 szczegóły
2 każdy czwartek, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 346A
każdy wtorek, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 346A
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 13/16 szczegóły
3 każdy wtorek, 10:00 - 13:30, Budynek IBB PAN (Pawińskiego), sala 10F
każdy czwartek, 10:00 - 13:30, Budynek IBB PAN (Pawińskiego), sala 10F
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 15/16 szczegóły
4 każdy czwartek, 14:45 - 18:15, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 219D
każdy wtorek, 14:15 - 17:45, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 219D
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 16/16 szczegóły
5 każdy czwartek, 14:45 - 18:15, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 346A
każdy wtorek, 14:15 - 17:45, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 346A
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 14/16 szczegóły
6 każdy czwartek, 14:45 - 18:15, Budynek IBB PAN (Pawińskiego), sala 10F
każdy wtorek, 14:15 - 17:45, Budynek IBB PAN (Pawińskiego), sala 10F
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 14/16 szczegóły
7 każdy piątek, 9:45 - 13:15, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 219D
każda środa, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 219D
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 14/16 szczegóły
8 każdy piątek, 9:45 - 13:15, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 346A
każda środa, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 346A
Monika Adamczyk-Popławska, Agnieszka Girstun, Piotr Kozłowski, Agnieszka Kwiatek, Monika Radlińska, Joanna Trzcińska-Danielewicz, Rafał Archacki, Roksana Iwanicka-Nowicka, Takao Ishikawa, Piotr Kowalec, Piotr Golec, Helena Kossowska 14/16 szczegóły
9 każdy piątek, 9:45 - 13:15, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 21D
każda środa, 10:00 - 13:30, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 21D
0/0 szczegóły
10 każdy piątek, 15:15 - 17:00, Gmach Wydziału Biologii - Miecznikowa 1, sala 9B
Agnieszka Girstun 35/25 szczegóły
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.