Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego Nie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Crystallography Laboratory B

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-1CRYSTBLA5 Kod Erasmus / ISCED: 13.3 / (0531) Chemia
Nazwa przedmiotu: Crystallography Laboratory B
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Przedmioty minimum programowego - zamienniki dla studentów 5-go semestru (S1-CH)
Punkty ECTS i inne: 3.00
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Założenia (opisowo):

Student powinien znać podstawy matematyki oraz geometrii oraz na bieżąco materiał z wykładu z Krystalografii B.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Praktyczne zastosowanie podstawowych idei krystalografii rentgenowskiej i geometrycznej przy wyborze próbek do analizy strukturalnej.

Zapoznanie z tokiem rentgenowskiej analizy strukturalnej.

Interpretacja oraz walidacja wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej.

Praca z krystalograficznymi bazami danych strukturalnych (CSD, PDB, ICSD).

Pełny opis:

Na Laboratoria będą się składać zadania praktyczne, związane bezpośrednio z tokiem rentgenowskiej analizy strukturalnej.

Zadania obejmować będą: metody krystalizacji (np. nastawianie prostej krystalizacji), problematykę wyboru kryształu odpowiedniego do rentgenowskiej analizy strukturalnej (ocena jakości i rozmiaru kryształów pod mikroskopem), sposoby umieszczania wybranego kryształu na dyfraktometrze, ocenę jakości uzyskanego rozpraszania rentgenowskiego (m.in. ocenę rozdzielczości danych rentgenowskich oraz weryfikację, czy próbka jest monokrystaliczna), wykonywanie krótkich pomiarów w celu określenia parametrów sieci odwrotnej i sieci rzeczywistej dla wybranej próbki, określanie symetrii dyfraktogramów (klasy Lauego), analizę wygaszeń systematycznych, pokaz redukcji danych dyfrakcyjnych, rozwiązywanie i udokładnianie struktury dla wybranej próbki za pomocą oprogramowania krystalograficznego (SHELX/OLEX2), ocenę jakości uzyskanych danych rentgenowskich oraz wiarygodności udokładnionego modelu struktury, interpretację informacji strukturalnej przechowywanej w pliku formatu CIF (a więc: znajdowanie długości wiązań, wartości kątów walencyjnych i kątów torsyjnych, opis oddziaływań międzycząsteczkowych w sieci, opis konformacji i ustalanie konfiguracji absolutnej dla wybranego związku), wizualizację danych strukturalnych za pomocą programów krystalograficznych (OLEX2, Mercury), metody przeszukiwania krystalograficznych baz danych strukturalnych (w szczególności CSD, także PDB, ICSD), walidację danych znalezionych w wyniku takiego przeszukiwania.

Literatura:

1. Z. Bojarski, M. Gigla, K. Stróż, M. Surowiec, Krystalografia. Podręcznik wspomagany komputerowo, PWN, Warszawa, 1996, 2001, 2007.

2. Z. Trzaska Durski, H. Trzaska Durska, Podstawy krystalografii, Oficyna Wydawnicza Politechniki Warszawskiej, Warszawa 2003.

3. M. van Meerssche i J. Feneau-Dupont, Krystalografia i chemia strukturalna, PWN, Warszawa 1984.

4. J. P. Glusker, M. Lewis, M. Rossi, Crystal Structure Analysis for Chemists and Biologists, VCH Publishers (1994).

5. C. Giacovazzo, H. Z. Monaco, D. Biterbo, F. Scordari, G. Gilli, G. Zanotti, M. Catti, Fundamentals of Crystallography, IUCR, Oxford University Press, 2000.

Efekty uczenia się:

Oczekujemy nabycia nastepujących umiejętności:

nastawienie prostej krystalizacji, praca z mikroskopem, ocena, czy dana próbka może nadawać się do celów analizy strukturalnej, określenie symetrii dyfraktogramu (klasa Lauego), interpretacja danych strukturalnych (wyszukiwanie parametrów geometrycznych, ocena jakości i wiarygodności danych), podstawowe posługiwanie się bazami danych strukturalnych oraz oprogramowaniem do wizualizacji takich danych.

Metody i kryteria oceniania:

Ocena z Laboratorium wyznaczana jest na podstawie sprawozdań przygotowywanych przez studentów w grupach po każdym laboratorium oraz 15min. prezentacji zawierającej streszczenie artykułu naukowego związanego z analizą strukturalną. Krótkie sprawozdania oceniane są w skali od 1 do 10 punktów, za prezentację można uzyskać maksymalnie 30 punktów. Ocena wystawiana jest na podstawie sumarycznej liczby punktów zdobytych za sprawozdania oraz prezentację (w procentach maksymalnej możliwej do zdobycia liczby punktów):

Punkty zdobyte (x) przeliczane są na oceny w/g skali (mlp – maksymalna liczba punktów możliwych do zdobycia):

x>90% max. liczby punktów (mlp) ocena 5

80% < x < 90% mlp ocena 4+

70% < x < 80% mlp ocena 4

60% < x < 70% mlp ocena 3+

50% < x < 60% mlp ocena 3

x < 50% mlp ocena 2

W indywidualnych przypadkach aktywność studentów na zajęciach może być podstawą podwyższenia uzyskanej oceny.

SPRAWOZDANIA powinny być dostarczone w ciągu tygodnia od wykonania laboratorium, najpóźniej do końca dnia, w którym odbywa się kolejne laboratorium. W przypadku sprawozdania oddanego po terminie, całkowita liczba punktów do zdobycia za dane sprawozdanie ulega pomniejszeniu:

o 2 pkt (max: 8 pkt) - opóźnienie o 1 tydzień

o 4 pkt (max: 6 pkt) - opóźnieniu o 2 tygodnie

o 6 pkt (max: 4 pkt) - opóźnieniu o 3 i więcej tygodni

Sprawozdania mogą być dostarczone w formie wydruku do pokoju / skrytki prowadzącego, lub - preferencyjnie - w formie pliku .pdf na adres e-mail prowadzącego.

Prowadzący ma prawo (również na prośbę studentów) zlecić studentom poprawę oddanego sprawozdania. W wyniku poprawy sprawozdania całkowita liczba punktów do zdobycia za dane sprawozdanie ulega pomniejszeniu o co najmniej 1 pkt.

Studenci mają tydzień na poprawę sprawozdania.

Poprawy sprawozdania można dokonać bezpośrednio po jego ocenie. Nie jest dopuszczalna sytuacja, w której student np. tuz przed sesją postanawia poprawić sprawozdanie z Laboratorium 1.

W przypadku, gdy jedna osoba z zespołu wyraźnie nie dopełnia swoich obowiązków i utrudnia pracę drugiej, prowadzący może zlecić wykonywanie osobnych sprawozdań każdemu członkowi zespołu.

NIEOBECNOŚCI

Nieobecność na zajęciach uważa się za usprawiedliwioną, jeżeli:

a) student przedstawi zwolnienie lekarskie w najbliższym możliwym terminie

b) student uprzedzi prowadzącego o planowanej nieobecności uzasadnionej np.: uczestnictwem w konferencji lub egzaminem.

c) student nie zaliczył wejściówki

Usprawiedliwioną nieobecność można odrobić podczas zajęć innej grupy lub, w indywidualnych przypadkach, w terminie wyznaczonym przez prowadzącego podczas sesji egzaminacyjnej.

W przypadku nieobecności na zajęciach jednej osoby z zespołu, każda osoba z tego zespołu przygotowuje niezależne sprawozdanie z tych zajęć.

Nieusprawiedliwiona nieobecność na zajęciach skutkuje przyznaniem studentowi 0 pkt. za sprawozdanie z tych zajęć.

Nieusprawiedliwione nieobecności na 4 zajęciach będą interpretowane jako rezygnacja z przedmiotu.

W przypadku, gdy jedna osoba z zespołu spóźni się na Laboratorium o ponad ½ h, prowadzący może zalecić spóźnionej osobie pracę samodzielną i wykonanie osobnego sprawozdania.

WEJŚCIÓWKI

Począwszy od Laboratorium 2, zajęcia rozpoczynają się 5-min. wejściówką, której celem jest sprawdzenie, czy student przed zajęciami zapoznał się z materiałem w skrypcie i zalecaną literaturą. Uzyskanie 0p z wejściówki skutkuje koniecznością opuszczenia zajęć (nieobecność usprawiedliwiona) i koniecznością odrobienia ich w terminie wskazanym przez prowadzącego. Oceny z wejściówek NIE MAJĄ wpływu na ocenę z przedmiotu.

Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (zakończony)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-31
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 40 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Makal
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (w trakcie)

Okres: 2021-10-01 - 2022-02-20
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 40 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Makal
Prowadzący grup: Anna Makal, Yizhi Xu
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.