Bioinformatics II
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1200-3EN-MON15L |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Bioinformatics II |
Jednostka: | Wydział Chemii |
Grupy: |
Wykłady monograficzne w semestrze letnim (Szkoła Doktorska) |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | (brak danych) |
Rodzaj przedmiotu: | monograficzne |
Założenia (opisowo): | Zakłada się podstawową wiedzę z zakresu bioinformatyki. Student powinien wiedzieć m.in czym jest homologia, uliniowienie sekwencji, drzewa filogenetyczne, itp. |
Skrócony opis: |
Celem przedmiotu jest poszerzenie podstawowej wiedzy z bioinformatyki o wybrane zagadnienia i przedstawienie metod aktualnie wykorzystywanych. Przedstawione zostaną przede wszystkim metody analizy i modelowania struktur białek, które aktualnie wykorzystywane są w pracach badawczych z tej dziedziny |
Pełny opis: |
Tematyką zajęć jest sześć wybranych zagadnień - aktualnych i szeroko stosowanych metod bioinformatycznych: 1) Metody analizy skupień: zachłanne, k-średnich, podejścia hierarchiczne 3) Metody uczenia maszynowego, deep learning 2) Ukryte Modele Markowa i profile sekwencyjne 4) Metody przewlekania białek 5) Modelowanie porównawcze 6) Haszowanie geometryczne i pokrewne algorytmy analizy struktur W trakcie ostatnich, siódmych zajęć słuchacze zaprezentują wybraną publikację naukową wykorzystującą jedną z w/w metod badawczych |
Literatura: |
Publikacje przeglądowe polecane w trakcie wykładu |
Efekty uczenia się: |
Student: - rozumie teoretyczne podstawy prezentowanych metod bioinformatycznych - umie omówić zastosowany w nich algorytm - umie w praktyce zastosować wybrane narzędzia bioinformatyczne odpowiednio do postawionego problemu. Po zakończeniu nauki w ramach przedmiotu student powinien umieć dobrać narzędzie bioinformatyczne odpowiednio do swoich problemów badawczych, a także krytycznie przeanalizować uzyskane wyniki. |
Metody i kryteria oceniania: |
Zaprezentowanie wybranej publikacji naukowej z zakresu wykładu, omówienie metod bioinformatycznych zastosowanych w tejże pracy. Student musi być obecny na wszystkich zajęciach. |
Praktyki zawodowe: |
nie dotyczy |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.