Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego Nie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Białka i kwasy nukleinowe

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-216BKWN Kod Erasmus / ISCED: 13.604 / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Białka i kwasy nukleinowe
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU
Przedmioty kierunkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Przedmioty specjalizacyjne, BIOTECHNOLOGIA, BIOTECHNOLOGIA MEDYCZNA, II stopień
Przedmioty specjalizacyjne, BIOTECHNOLOGIA, BIOTECHNOLOGIA MOLEKULARNA, II stopień
Strona przedmiotu: http://www.biol.uw.edu.pl/zbm
Punkty ECTS i inne: 6.00
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne

Wymagania (lista przedmiotów):

Biochemia 1400-113BCH
Biologia molekularna 1400-215BM

Założenia (opisowo):

Student powinien mieć wiedzę dotyczącą podstaw biochemii białek i kwasów nukleinowych. Przyswojenie materiału przekazywanego na przedmiocie "biochemia D" powinna być wystarczająca do realizacji zajęć w ramach niniejszego przedmiotu. Nie oczekuje się od studenta praktycznej znajomości technik stosowanych w biologii molekularnej. Jednak niezbędna w realizacji niniejszego przedmiotu jest wiedza o zasadach działania podstawowych technik, m.in. elektroforezy i chromatografii.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z różnymi metodami pracy z białkami i kwasami nukleinowymi. Studenci oczyszczają białka z użyciem klasycznych preparatyk stosowanych przy izolacji białka ze źródła naturalnego oraz poznają metody pracy stosowane przy izolacji białek rekombinowanych z różnych systemów ekspresyjnych- bakteryjnych, ssaczych, owadzich i drożdzowych.

Pełny opis:

Tematyka poszczególnych ćwiczeń:

1. Oczyszczanie lizozymu z białka jaja kurzego. Ćwiczenie zawiera elementy klasycznej kilkuetapowej procedury oczyszczania białek (uzyskanie materiału biologicznego i wyodrębnianie frakcji bogatej w oczyszczane białko, różnicowe wytrącanie, dializa, chromatografia jonowymienna, sączenie molekularne, elektroforeza białka w żelu). Porównanie wydajności czyszczenia między systemem zautomatyzowanym a ręcznym wykonaniem oczyszczania.

2. Oczyszczanie ludzkiego czynnika splicingowego z rodzin białek SR z komórek bakterii Escherichia coli. Ćwiczenie wykorzystuje nowoczesne złoża stosowane w chromatografii powinowactwa, umożliwiające oczyszczenie białka w jednoetapowej procedurze. Do oczyszczanego białka dodane są metodami inżynierii genetycznej znaczniki: krótka sekwencja aminokwasowa (6 x His) lub białką wiążące maltozę (MBP). W ćwiczeniu wykonywane są dwa rodzaje preparatyki – w warunkach natywnych i denaturujących.

3. Sporządzenie ekstraktu z komórek HeLa i oznaczenie aktywności topoizomerazy I in vitro. Ćwiczenie to przedstawia prostą metodę ekstrakcji białek z komórek człowieka pochodzących z hodowli komórek. Ilustruje także metodę badania aktywności enzymatycznej topoizomerazy I, która ma właściwości "relaksowania" superhelikalnego DNA. Wyniki elektroforezy DNA w żelu agarozowym pozwalają ocenić aktywność enzymatyczną tego enzymu w otrzymanym preparacie.

4. Sporządzenie lizatu komórek drożdżowych kilkoma metodami- porównanie wydajności ekstrakcji białka i aktywności enzymatycznej beta-galaktozydazy. Ćwiczenie umożliwia poznanie specyfiki izolacji z komórek drożdżowych.

Literatura:

Hames, B.D. i Hooper, N.M. (2007) Krótkie wykłady: biochemia. PWN, Warszawa.

Kłyszejko-Stefanowicz, L., red. (1999) Ćwiczenia z biochemii. PWN, Warszawa.

Autor anonimowy (1998) Protein purification handbook. Amersham Pharmacia Biotech, Uppsala. (do wglądu z Zakładzie Biologii Molekularnej lub na stronie www.apbiotech.com)

Efekty uczenia się:

Ma pogłębioną wiedzę w wybranych obszarach biotechnologii mikroorganizmów oraz inżynierii komórkowej na temat wyrażania i izolacji białek rekombinowanych, a także izolacji ze źródeł naturalnych. (S2_W01)

Zna zasady planowania badań oraz stosowania różnych narzędzi badawczych przy wyrażaniu i oczyszczaniu białek. (S2_W02)

Ma wiedzę dotyczącą samodzielnego planowania i prowadzenia prac doświadczalnych, krytycznej analizy wyników i ich opracowywania w formie nadającej się do dyskusji z prowadzącym. (S2_W04, S2_K01)

Zna słownictwo fachowe w języku angielskim w stopniu umożliwiającym korzystanie z literatury naukowej. (S2_U02)

Wykorzystuje zaawansowane techniki badawcze, właściwe dla kierunku biotechnologia zakładające oczyszczanie aktywnych preparatów białkowych. (S2_W04, S2_W05)

Potrafi zastosować właściwą technikę frakcjonowania materiału biologicznego i odpowiednie techniki chromatograficzne. (S2_W05)

Umie ocenić stopień czystości preparatu, jego potencjalne zastosowania, a w przypadku białek enzymatycznych umie oznaczyć aktywność. (S2_W05)

Wyciąga wnioski co do powodzenia wykonanego eksperymentu. (S2_W02, S2_K01)

Pracując w dwuosobowych zespołach samodzielnie planuje i przeprowadza zadania badawcze a następnie omawia wyniki. (S2_K03)

Jest odpowiedzialny za powierzony zakres prac badawczych, za pracę własną i innych. (S2_K04)

Wykazuje odpowiedzialność za ocenę zagrożeń wynikających ze stosowanych technik badawczych i tworzenie warunków bezpiecznej pracy. (S2_K04)

Metody i kryteria oceniania:

Student ma obowiązek wykonać cztery ćwiczenia opisane w części "pełny opis". Po przeprowadzeniu każdego ćwiczenia student powinien przedstawić wyniki prowadzącemu zajęcia, streścić przebieg ćwiczenia i zinterpretować wyniki. Prowadzący może zadać dodatkowe pytania, jednak nie wykraczające poza zakres omawianego ćwiczenia. Poprawne ustosunkowanie się do wyżej wymienionych punktów umożliwia zaliczenie ćwiczenia. Zaliczenie wszystkich ćwiczeń jest warunkiem umożliwiającym przystąpienie do sprawdzianu końcowego z przedmiotu (na prawach egzaminu).

Sprawdzian końcowy składa się z kilku pytań otwartych, w których oczekuje się rozwiązania problemu (najczęściej pytania dotyczą zaproponowania procedury, która doprowadziłaby np. do oczyszczenia jakiegoś białka). Od studenta nie wymaga się znajomości szczegółów procedur doświadczeń, natomiast przy ocenie udzielonych odpowiedzi bierze się szczególnie pod uwagę znajomość najważniejszych etapów proponowanego rozwiązania problemu. Pytania na sprawdzianie końcowym mogą wykraczać poza materiał przedstawiony na zajęciach i obejmować znajomość technik stosowanych w biochemii i biologii molekularnej ze szczególnym naciskiem na techniki chromatograficzne oraz elektroforetyczne.

Praktyki zawodowe:

Nie są wymagane.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (zakończony)

Okres: 2021-02-22 - 2021-06-13
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 90 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Takao Ishikawa
Prowadzący grup: Agnieszka Girstun, Takao Ishikawa, Piotr Kozłowski, Joanna Trzcińska-Danielewicz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ćwiczenia - Egzamin
Uwagi:

Warunki przyjęcia:

Ranking na podstawie ocen z przedmiotów: Biologii molekularnej oraz Biochemii. Biochemia - przedmiot wymagany do przyjęcia na zajęcia.

Informacje o ocenach należy przesyłać na adres rejestracjanazajecia@biol.uw.edu.pl, zgodnie z instrukcją umieszczoną na stronie http://www.biol.uw.edu.pl/, w sekcji studia w zakładce SIATKA ZAJĘĆ REJESTRACJA ELEKTRONICZNA

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/22" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2022-02-21 - 2022-06-15
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 90 godzin, 30 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Takao Ishikawa
Prowadzący grup: Agnieszka Girstun, Takao Ishikawa, Piotr Kozłowski, Joanna Trzcińska-Danielewicz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ćwiczenia - Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.