Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Stochastyczne modele w biologii

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-1S20SMB
Kod Erasmus / ISCED: 11.1 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0541) Matematyka Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Stochastyczne modele w biologii
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Seminaria monograficzne dla matematyki 2 stopnia
Punkty ECTS i inne: 6.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

seminaria monograficzne

Skrócony opis:

Celem seminarium jest przedstawienie kompleksowego przeglądu współczesnych problemów i metod biologii matematycznej. Nie zakładamy u słuchaczy wiedzy biologicznej ani znajomości konkretnych technik matematycznych. Zarówno podstawowa wiedza biologiczna jaki i elementy modelowania stochastycznego zostaną wprowadzone podczas wstępnych wykładów. Skoncentrujemy się na zastosowaniu metod stochastycznych do opisania dynamiki biologicznej zarówno w skali mikro (ekspresja i regulacja genów, komórkowe szlaki sygnałowe), jak i makro (modele teorii gier ewolucyjnych, modele epidemiologiczne).

Planujemy zaprosić kilku znanych badaczy biologii matematycznej do wygłoszenia zaproszonych wykładów w ramach seminarium. Studenci będą mieli okazję pracować nad projektami przedstawionymi przez prelegentów.

Pełny opis:

Celem seminarium jest przedstawienie kompleksowego przeglądu współczesnych problemów i metod biologii matematycznej. Nie zakładamy u słuchaczy wiedzy biologicznej ani znajomości konkretnych technik matematycznych. Zarówno podstawowa wiedza biologiczna jaki i elementy modelowania stochastycznego zostaną wprowadzone podczas wstępnych wykładów. Skoncentrujemy się na zastosowaniu metod stochastycznych do opisania dynamiki biologicznej zarówno w skali mikro (ekspresja i regulacja genów, komórkowe szlaki sygnałowe), jak i makro (modele teorii gier ewolucyjnych, modele epidemiologiczne).

Planujemy zaprosić kilku znanych badaczy biologii matematycznej do wygłoszenia zaproszonych wykładów w ramach seminarium. Studenci będą mieli okazję pracować nad projektami przedstawionymi przez prelegentów.

Lista planowanych prelegentów

Eben Kenah (Ohio State)

https://cph.osu.edu/people/ekenah

Tom Britton (Stokholm University)

https://staff.math.su.se/tom.britton

Julian Arino (University og Manitoba)

https://server.math.umanitoba.ca/~jarino

Boseung Choi (Korea University)

http://sejong.korea.ac.kr/mbshome/mbs/nslab/subview.do?id=nslab_020102000000

Heiko Henderling (Moffit Cancer Center)

https://moffitt.org/research-science/researchers/heiko-enderling

Jan Wehr (University of Arizona)

https://wehr.faculty.arizona.edu

Avner Friedman (Ohio State)

https://people.math.osu.edu/friedman.158

Michał Komorowski (IPPT PAN)

http://sysbiosig.org/team/michal-komorowski

Tomasz Lipniacki (IPPT PAN)

https://www.ippt.pan.pl/staff.html?idj5=tlipnia

Anna Marcinek-Ochab (IChF PAN)

http://pepe.ichf.edu.pl/ochab/ochab_pl.html

Christian Maes (KU Leuven)

https://fys.kuleuven.be/itf/staff/christ/home

Metody i kryteria oceniania:

Ocena na podstawie wygłoszonych referatów i końcowego raportu pisemnego z uzyskanych wyników w ramach wybranego projektu

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2021/22" (zakończony)

Okres: 2021-10-01 - 2022-06-15
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Seminarium monograficzne, 60 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Jacek Miękisz, Grzegorz Rempała
Prowadzący grup: Jacek Miękisz, Grzegorz Rempała
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Pełny opis:

Celem seminarium jest przedstawienie kompleksowego przeglądu współczesnych problemów i metod biologii matematycznej. Nie zakładamy u słuchaczy wiedzy biologicznej ani znajomości konkretnych technik matematycznych. Zarówno podstawowa wiedza biologiczna jaki i elementy modelowania stochastycznego zostaną wprowadzone podczas wstępnych wykładów. Skoncentrujemy się na zastosowaniu metod stochastycznych do opisania dynamiki biologicznej zarówno w skali mikro (ekspresja i regulacja genów, komórkowe szlaki sygnałowe), jak i makro (modele teorii gier ewolucyjnych, modele epidemiologiczne).

Planujemy zaprosić kilku znanych badaczy biologii matematycznej do wygłoszenia zaproszonych wykładów w ramach seminarium. Studenci będą mieli okazję pracować nad projektami przedstawionymi przez prelegentów.

Lista planowanych prelegentów

Eben Kenah (Ohio State)

https://cph.osu.edu/people/ekenah

Tom Britton (Stokholm University)

https://staff.math.su.se/tom.britton

Enrico Bibbona

https://www.disma.polito.it/en/personale/scheda/(nominativo)/enrico.bibbona/(sezione)/ricerca_prodotti

Boseung Choi (Korea University)

http://sejong.korea.ac.kr/mbshome/mbs/nslab/subview.do?id=nslab_020102000000

Joe Tien (Ohio State)

https://math.osu.edu/people/tien.20

Daniel Linder

https://www.augusta.edu/mcg/dphs/bds/people/daniel_linder.php

Michał Komorowski (IPPT PAN)

http://sysbiosig.org/team/michal-komorowski

Tomasz Lipniacki (IPPT PAN)

https://www.ippt.pan.pl/staff.html?idj5=tlipnia

Anna Marcinek-Ochab (IChF PAN)

http://pepe.ichf.edu.pl/ochab/ochab_pl.html

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2022/23" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2022-10-01 - 2023-06-18

Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Seminarium monograficzne, 60 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Jan Karbowski, Jacek Miękisz, Grzegorz Rempała
Prowadzący grup: Jan Karbowski, Jacek Miękisz, Grzegorz Rempała
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Skrócony opis:

Celem seminarium jest przedstawienie kompleksowego przeglądu współczesnych problemów i metod biologii matematycznej. Nie zakładamy u słuchaczy wiedzy biologicznej ani znajomości konkretnych technik matematycznych. Zarówno podstawowa wiedza biologiczna jaki i elementy modelowania stochastycznego zostaną wprowadzone podczas wstępnych wykładów.

Skoncentrujemy się na zastosowaniu metod stochastycznych do opisania dynamiki biologicznej zarówno w skali mikro (ekspresja i regulacja genów, komórkowe szlaki sygnałowe), jak i makro (modele teorii gier ewolucyjnych, modele epidemiologiczne). Będziemy także stosować metody stochastyczne wraz z elementami teorii informacji do analizy kodowanej informacji w sieciach neuronów.

Planujemy zaprosić kilku znanych badaczy biologii matematycznej do wygłoszenia zaproszonych wykładów w ramach seminarium. Studenci będą mieli okazję pracować nad projektami przedstawionymi przez prelegentów.

Pełny opis:

Celem seminarium jest przedstawienie kompleksowego przeglądu współczesnych problemów i metod biologii matematycznej. Nie zakładamy u słuchaczy wiedzy biologicznej ani znajomości konkretnych technik matematycznych. Zarówno podstawowa wiedza biologiczna jaki i elementy modelowania stochastycznego zostaną wprowadzone podczas wstępnych wykładów. Skoncentrujemy się na zastosowaniu metod stochastycznych do opisania dynamiki biologicznej zarówno w skali mikro (ekspresja i regulacja genów, komórkowe szlaki sygnałowe), jak i makro (modele teorii gier ewolucyjnych, modele epidemiologiczne). Będziemy także stosować metody stochastyczne wraz z elementami teorii informacji do analizy kodowanej informacji w sieciach neuronów.

Planujemy zaprosić kilku znanych badaczy biologii matematycznej do wygłoszenia zaproszonych wykładów w ramach seminarium. Studenci będą mieli okazję pracować nad projektami przedstawionymi przez prelegentów.

Wstępna lista tematów obejmuje:

(A) Procesy skokowe Markowa i ich zastosowania w ekologicznych modelach przenoszenia chorób i molekularnych modelach transkrypcji genów.

(B) Agregacje wielkoobjętościowe dynamiki stochastycznej: przybliżenie dyfuzji i prawo wielkich liczb dla procesów skokowych Markowa z zastosowaniem do estymacji parametrów w układach biologicznych.

(C) Łańcuchy Markowa i ich zastosowania w teorii gier ewolucyjnych.

(D) Metody wnioskowania statystycznego dla modeli mikro i makrobiologicznych: metody nadzoru ekologicznego, sekwencyjne pobieranie próbek, krzywe epidemiczne, ekspresja genów i analiza filogenetyczna.

(E) Metody i modele nierównowagowej fizyki statystycznej w układach biologicznych.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
ul. Banacha 2
02-097 Warszawa
tel: +48 22 55 44 214 https://www.mimuw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 6.8.0.0-2a4334331 (2022-08-26)