Nie jesteś zalogowany | 
Algorytmy w genomice obliczeniowej (wspólne z 1000-719GP2)
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1000-2M12AGO | Kod Erasmus / ISCED: |
11.3
 /
(0612) Database and network design and administration
|
| Nazwa przedmiotu: | Algorytmy w genomice obliczeniowej (wspólne z 1000-719GP2) | ||
| Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki | ||
| Grupy: |
Przedmioty monograficzne dla III - V roku informatyki Przedmioty obieralne dla informatyki |
||
| Punkty ECTS i inne: |
6.00  zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | angielski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | monograficzne |
||
| Skrócony opis: |
Celem wykładu jest zapoznanie studenta wybranymi z modelami, algorytmami i narzędziami stosowanymi w genomice porównawczej ze szczególnym uwzględnieniem drzew i ich zastosowaniem w różnych kontekstach. Planowane ćwiczenia będą częściowo formie laboratorium komputerowego. |
||
| Pełny opis: |
1. Wprowadzenie. Podstawowe pojęcia, geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji (2 wykłady). 2. Modele ewolucji sekwencji (1 wykład) 3. Maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów (2 wykłady) 4. Metody bayesowskie (1-2 wykłady) 5. Drzewa konsensusowe i superdrzewa (2 wykłady) 6. Metody klastrowania hierarchicznego (1 wykład) 7. Drzewa uzgadniające, sieci filogenetyczne, horyzontalny transfer (2-3 wykłady). 8. Drzewa i tablice sufiksowe (1-2 wykłady). Założenia znajomość podstaw algorytmiki, umiejętności programistyczne (np. python, c/c++ lub java) |
||
| Literatura: |
1. Inferring Phylogenies Joseph Felsenstein 2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, 3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, . |
||
| Efekty uczenia się: |
ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04) potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07) |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Ocena na podstawie: egzamin pisemny 60% + obowiązkowy projekt zaliczeniowy 35% + prezentacja projektu 5%. |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (zakończony)
| Okres: | 2020-10-01 - 2021-01-31 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Paweł Górecki | |
| Prowadzący grup: | Paweł Górecki, Agnieszka Mykowiecka | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (w trakcie)
| Okres: | 2021-10-01 - 2022-02-20 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Paweł Górecki | |
| Prowadzący grup: | Paweł Górecki | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.