Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Wybrane zagadnienia genomiki funkcjonalnej

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-2M22TFG
Kod Erasmus / ISCED: 11.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0612) Database and network design and administration Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Wybrane zagadnienia genomiki funkcjonalnej
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obieralne dla Machine Learning
Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: (brak) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

monograficzne

Skrócony opis:

Kurs obejmie metody bioinformatyczne, które są kluczowymi składnikami wszystkich interdyscyplinarnych projektów, które mają na celu opisanie i zrozumienie złożonych systemów biologii molekularnej. Skupimy się na analizie danych z genomiki funkcjonalnej, w tym transkryptomiki, proteomiki, metabolomiki i epigenomiki.

Pełny opis:

Metody omówione w tym kursie są istotne dla kilku celów zrównoważonego rozwoju ONZ, w których częścią rozwiązania jest nowoczesna biologia molekularna, w tym celów dotyczących produkcji żywności i bioenergii.

Zajęcia będą obejmować wykłady/dyskusje grupowe i nadzorowane ćwiczenia komputerowe. Wykłady będą miały na celu przede wszystkim zapoznanie studentów z teorią metod bioinformatycznych, podczas gdy laboratoria pokażą, w jaki sposób metody te można wykorzystać w praktyce.

Tematyka kolejnych wykładów:

- Wprowadzenie do genomiki funkcjonalnej

- Transkryptomika

- Różnicowa analiza ekspresji

- Analiza skupień

- Uczenie maszynowe

- Sieci

- Metabolomika i proteomika

- Integracja danych

Literatura:

Publikacje z projektu ENCODE:

https://www.encodeproject.org/publications/

Efekty uczenia się:

WIEDZA: Po ukończeniu tego kursu studenci będą posiadać ogólną wiedzę na temat różnych typów danych generowanych w ramach genomiki funkcjonalnej (dane „omics”: transkryptomika, proteomika, metabolomika i epigenomika) i będą w stanie wyjaśnić teorię stojącą za najczęstszymi bioinformatycznymi metodami analizowania takich danych. Metody te obejmują znajdowanie genów i zestawów genów o różnej ekspresji, uczenie maszynowe, grupowanie i analizę sieci oraz metody integracji danych „omics” i wiedzy biologicznej np. ontologie (K_W08).

UMIEJĘTNOŚCI:  Po ukończeniu tego kursu studenci będą w stanie analizować dane „omics” przy użyciu różnych metod, a także będą w stanie zrozumieć i zinterpretować wyniki otrzymane za pomocą tych metod (K_U04). Mając zadane zestaw danych i pytanie biologiczne, studenci powinni być w stanie ocenić, jakich metod i narzędzi użyć, aby odpowiedzieć na to pytanie (K_U07).

KOMPETENCJE: Studenci będą potrafili przeprowadzać powtarzalną analizę danych generowanych w ramach genomiki funkcjonalnej i będą wyposażeni w zdolność modyfikowania odpowiednich metod, gdy w przyszłości pojawią się nowe typy danych (K_K01, K_K02).

Metody i kryteria oceniania:

Aby zaliczyć kurs, należy uzyskać zatwierdzenie dwóch raportów z tygodnia 1 i tygodnia 2.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
ul. Banacha 2
02-097 Warszawa
tel: +48 22 55 44 214 https://www.mimuw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.2.0-80474ed05 (2024-03-12)