Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Wstęp do biologii obliczeniowej

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-2N03BO
Kod Erasmus / ISCED: 11.303 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0612) Database and network design and administration Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Wstęp do biologii obliczeniowej
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty kierunkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Przedmioty obieralne dla informatyki
Przedmioty obieralne fakultatywne dla informatyki (IIIr. licencjatu, nowy program)
Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: 6.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

monograficzne

Skrócony opis:

Celem zajęć jest zapoznanie studentów z tematyką intensywnie rozwijanej ostatnio dziedziny jaką jest molekularna biologia obliczeniowa. Na wykładzie zostanie położony nacisk na metody algorytmiczne analizy danych genetycznych oraz modele matematyczne stosowane w opisie zjawisk molekularnych. Wykład umożliwi udział w innych zajęciach monograficznych z tej dziedziny proponowanych na wydziale i ewentualne zaangażowanie się w prowadzone projekty badawcze.

W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku.

Pełny opis:

1. Wprowadzenie "biologiczne": podstawowe wiadomości na temat biologii molekularnej; budowa kwasów nukleinowych i białek; główne procesy zachodzące w komórce (2 wykłady).

2. Analiza sekwencji molekularnych: algorytmy uliniowienia dwóch sekwencji (uliniowienie lokalne i globalne) (2 wykłady).

3. Matematyczne modele ewolucji molekularnej: Model Jukes-Cantora, Kimury dla sekwencji DNA, tablice substytucyjne aminokwasów dla białek: PAM, BLOSUM, statystyczna istotność uliniowień (3 wykłady).

4. Ukryte modele Markowa i ich zastosowania - algorytmy Viterbiego I Bauma Welsha. (2 wykłady).

5. Uliniowienie wielu sekwencji (programowanie dynamiczne, `star alignment', `tree alignment'), efektywne heurystyki: CLUSTALW, Tcoffee, MAFFT. (2 wykłady).

6. Uliniowienie na skalę całych genomów. (1 wykład).

7. Wstęp do filogenetyki. (2 wykłady).

W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku.

Literatura:

1. A. Malcolm Campbell. Laurie J. Heyer, Discovering Genomics, Proteomics, and Bioinformatics, Pearson Education 2003.

2. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, Cambridge Univ. Press, 1997.

3. P. Pevzner, Computational Molecular Biology, The MIT Press, 2000.

4. Ewens, W.J. , Grant, G., Statistical Methods in Bioinformatics, Springer 2001.

Efekty uczenia się:

Wiedza:

1. Ma ogólna wiedzę o problemach biologii obliczeniowej.

2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzedzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych.

Umiejętności:

1. Potrafi wykonać proste analizy bioinformatyczne dla sekwencji molekularnych.

2. Potrafi wykorzystywać zaawansowane narzędzia bioinformatyczne.

Kompetencje:

1. Zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia (K_K01)

2. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K05)

3. Potrafi korzystać z interdyscyplinarnej literatury

Metody i kryteria oceniania:

Projekty zaliczeniowe,

kolokwium,

Egzamin ustny.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bartosz Wilczyński
Prowadzący grup: Adam Cicherski, Aleksander Jankowski, Bartosz Wilczyński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
ul. Banacha 2
02-097 Warszawa
tel: +48 22 55 44 214 https://www.mimuw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.2.0-80474ed05 (2024-03-12)