Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Bioinformatyka i genomika obliczeniowa

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-5D22BGO
Kod Erasmus / ISCED: 11.1 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0541) Matematyka Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka i genomika obliczeniowa
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Seminaria magisterskie na bioinformatyce
Seminaria magisterskie na informatyce
Punkty ECTS i inne: 6.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

seminaria magisterskie

Skrócony opis:

Tematyka seminarium obejmuje podstawowe działy bioinformatyki i genomiki obliczeniowej ze szczególnym uwzględnieniem stosowanych modeli matematycznych i metod algorytmicznych. Interesuje nas analiza sekwencji molekularnych, genomika porównawcza, ewolucja i organizacja genomów, filogenetyka i ewolucja molekularna, a także analiza danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego i innych wielkoskalowych technik eksperymentalnych współczesnej genomiki.

Pełny opis:

Burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki, szczególnie metod z takich dziedzin, jak algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka. Tematyka seminarium skupia się wokół algorytmicznych i matematycznych metod analizy danych molekularnych wraz z zastosowaniami metod obliczeniowych w formułowaniu biologicznych hipotez. Referaty prezentowane na seminarium dotyczą nie tylko aktualnych projektów badawczych, w których uczestniczy grupa biologii obliczeniowej (http://bioputer.mimuw.edu.pl), ale także projektów o charakterze bioinformatycznym realizowanych w innych jednostkach kampusu Ochota.

Nasze zainteresowania obejmują m.in. analizę sekwencji molekularnych, ewolucję molekularną i genomikę porównawczą. W szczególności interesują nas:

matematyczne modele ewolucji genomów oraz różnorodności genetycznej w populacjach,

zagadnienia związane z rekonstrukcją i porównywaniem drzew oraz sieci filogenetycznych,

zastosowania powyższych w metagenomice oraz do rekonstrukcji zdarzeń makroewolucyjnych takich jak duplikacje genomowe, hybrydyzacje, rekombinacje itp.

nowe algorytmy porównywania sekwencji DNA i białek,

techniki analizy danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego i innych wielkoskalowych technik eksperymentalnych współczesnej genomiki,

analiza nowo-zsekwencjonowanych genomów.

Literatura:

Współczesna literatura z tej dziedziny, w tym czasopisma naukowe i dane z Internetu.

Efekty uczenia się:

Wiedza

1. Ma ogólna wiedzę o problemach bioinformatyki i biologii systemów (K_W08).

2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzędzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych (K_W09).

Umiejętności

1. Dostrzega ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę jej ciągłego uzupełniania i aktualizowania (K_U07)

2. Potrafi przygotować prezentację i wygłosić referat opierając się na artykułach naukowych lub wynikach własnych badań (K_U08).

3. Potrafi czytać ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim (K_U09).

Kompetencje

1. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K08).

2. Jest gotów do przedstawiania wybranych osiągnięć bioinformatycznych i formułowania opinii na ich temat (K_K05, K_K06).

Metody i kryteria oceniania:

wygłoszenie referatu, na 4 roku zatwierdzenie pracy magisterskiej na 5 roku złożenie pracy magisterskiej

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2022/23" (w trakcie)

Okres: 2022-10-01 - 2023-06-18
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć:
Seminarium magisterskie, 60 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Norbert Dojer, Paweł Górecki
Prowadzący grup: Norbert Dojer, Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
ul. Banacha 2
02-097 Warszawa
tel: +48 22 55 44 214 https://www.mimuw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 6.8.0.0-e459be735 (2022-11-16)