Bioinformatyka i genomika obliczeniowa

seminaria magisterskie

Tematyka seminarium obejmuje podstawowe działy bioinformatyki i genomiki obliczeniowej ze szczególnym uwzględnieniem stosowanych modeli matematycznych i metod algorytmicznych. Interesuje nas analiza sekwencji molekularnych, genomika porównawcza, ewolucja i organizacja genomów, filogenetyka i ewolucja molekularna, a także analiza danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego i innych wielkoskalowych technik eksperymentalnych współczesnej genomiki.

Burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki, szczególnie metod z takich dziedzin, jak algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka. Tematyka seminarium skupia się wokół algorytmicznych i matematycznych metod analizy danych molekularnych wraz z zastosowaniami metod obliczeniowych w formułowaniu biologicznych hipotez. Referaty prezentowane na seminarium dotyczą nie tylko aktualnych projektów badawczych, w których uczestniczy grupa biologii obliczeniowej (http://bioputer.mimuw.edu.pl), ale także projektów o charakterze bioinformatycznym realizowanych w innych jednostkach kampusu Ochota.

Nasze zainteresowania obejmują m.in. analizę sekwencji molekularnych, ewolucję molekularną i genomikę porównawczą. W szczególności interesują nas:

matematyczne modele ewolucji genomów oraz różnorodności genetycznej w populacjach,

zagadnienia związane z rekonstrukcją i porównywaniem drzew oraz sieci filogenetycznych,

zastosowania powyższych w metagenomice oraz do rekonstrukcji zdarzeń makroewolucyjnych takich jak duplikacje genomowe, hybrydyzacje, rekombinacje itp.

nowe algorytmy porównywania sekwencji DNA i białek,

techniki analizy danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego i innych wielkoskalowych technik eksperymentalnych współczesnej genomiki,

analiza nowo-zsekwencjonowanych genomów.

Współczesna literatura z tej dziedziny, w tym czasopisma naukowe i dane z Internetu.

Wiedza

1. Ma ogólna wiedzę o problemach bioinformatyki i biologii systemów (K_W08).

2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzędzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych (K_W09).

Umiejętności

1. Dostrzega ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę jej ciągłego uzupełniania i aktualizowania (K_U07)

2. Potrafi przygotować prezentację i wygłosić referat opierając się na artykułach naukowych lub wynikach własnych badań (K_U08).

3. Potrafi czytać ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim (K_U09).

Kompetencje

1. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K08).

2. Jest gotów do przedstawiania wybranych osiągnięć bioinformatycznych i formułowania opinii na ich temat (K_K05, K_K06).

I rok: obecność na zajęciach, wygłoszenie 2. referatów, zatwierdzenie tematu pracy magisterskiej.

II rok: obecność na zajęciach, wygłoszenie 2. referatów, złożenie pracy magisterskiej.