Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Wstęp do bioinformatyki 1

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-711BI1
Kod Erasmus / ISCED: 11.303 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0612) Database and network design and administration Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Wstęp do bioinformatyki 1
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obowiązkowe dla II roku bioinformatyki
Punkty ECTS i inne: 4.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Skrócony opis:

Wykład i towarzysząca pracownia komputerowa przeznaczone są dla studentów drugiego roku makrokierunku „Bioinformatyka i biologia systemów” oraz dla trzeciego roku „Projektowania molekularnego i bioinformatyki”. Dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy genów, genomów i białek.

Pełny opis:

Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy genów, genomów i białek. Ramowy program jest następujący:

1. Bazy danych dla biologii molekularnej i biotechnologii, przegląd, współzależności, bazy relacyjne.

2. Podstawowe operacje na jednej sekwencji nukleotydowej.

3. Porównywanie dwu sekwencji.

4. Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych przy użyciu sekwencji jako zapytań.

5. Porównywanie wielu sekwencji.

6. Ewolucja molekularna.

7. Analiza rodzin białek, reprezentacje.

8. Profile, HMM etc… Zaawansowane metody znajdowania podobieństwa sekwencji

9. Motywy sekwencji związane z funkcją. Motywy rodzin białek, sygnały segregacji do przedziałów komórki, sekwencje kontrolujące ekspresję genów.

10. Metody sekwencjonowania i składania genomów.

11. Odróżnianie kodujących i niekodujących sekwecji DNA (metody ab initio i oparte na homologii).

12. Adnotacja genomów.

13. Genomika porównawcza (na poziomie całych genomów) i funkcjonalna.

Literatura:

Bioinformatyka: Podręcznik do analizy genów i białek, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Tłumaczenie: M. Cebrat, J. Leluk, P. Mackiewicz, PWN, Warszawa, 2005 (8301142111), lub późniejsze wydania

DNA. Tajemnica życia, J. D. Watson i A. Berry, wyd: CiS oraz W.A.B, Warszawa, 2005 (ISBN 83-7414-007-0)

Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk (Jun 2, 2008)

Podstawy bioinformatyki, J. Xiong, wyd. WUW, Warszawa 2009 (ISBN 978-83-235-0511-2)

Efekty uczenia się:

- potrafi analizować i porównywać sekwencje genomowe (K_U21)

- potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi bioinformatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych (K_U19)

Metody i kryteria oceniania:

Zaliczenie przedmiotu (ćwiczenia + wykład) w formie egzaminu odbędzie się zdalnie przy pomocy platformy Kampus (test wielokrotnego wyboru).

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-01-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 45 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Norbert Odolczyk, Piotr Zielenkiewicz
Prowadzący grup: Norbert Odolczyk, Piotr Zielenkiewicz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
ul. Banacha 2
02-097 Warszawa
tel: +48 22 55 44 214 https://www.mimuw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0-2b06adb1e (2024-03-27)