Nie jesteś zalogowany | 
Architektura dużych projektów bioinformatycznych
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1000-717ADP | Kod Erasmus / ISCED: |
11.954
 /
(0619) Komputeryzacja (inne)
|
| Nazwa przedmiotu: | Architektura dużych projektów bioinformatycznych | ||
| Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki | ||
| Grupy: |
Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
||
| Strona przedmiotu: | https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/ | ||
| Punkty ECTS i inne: |
6.00  zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | angielski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
| Założenia (opisowo): | Umiejętność programowania w pythonie Podstawy bioinformatyki |
||
| Tryb prowadzenia: | w sali |
||
| Skrócony opis: |
Zapoznanie się ze strukturą większych projektów bioinformatycznych. Studenci tworzą wspólnie większy projekt, zapoznają się z systemami kontroli wersji i współpracy w zespole. Omawiają historię powstania i rozwoju wiodących bibliotek oprogramowania bioinformatycznego. Dyskutują na temat możliwych opcji wyboru licencji pod jaką oprogramowanie jest udostępniane. Omawiają rolę oprogramowania o dostępnym kodzie źródłowym dla reprodukowalności wyników badań. |
||
| Pełny opis: |
Formaty danych w bioinformatyce. Projekty Bioperl, Biopython i podobne. Najważniejsze bioinformatyczne bazy danych (UniProt, PDB, RefSeq, GenBank, ENA, InterPro i inne). Licencjonowanie oprogramowania dla nauki. Licencje wolno-dostępne. Patentowanie. Rozwój dużych projektów, wykorzystanie systemów kontroli wersji (SVN, GIT), systemy współpracy online - github, sourceforge. Testowanie oprogramowanie, automatyzacja testów. Metadane, ontologie, schematy baz danych. Generic Model Organism Database (GMOD). BioMart i BioMoby. Przeglądarki genomowe, wersje lokalne i online. Wprowadzenie do systemu Galaxy. Omówienie systemu Taverna. Użycie publicznie udostępnianych procedur z serwisu MyExperiment. Pakiety obliczeniowe - Rstudio, jupyter |
||
| Literatura: |
Materiały do wykładu na stronie www: https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/ |
||
| Efekty uczenia się: |
- ma wiedzę o technologiach zarządzania danymi biologicznymi (K_W01) - ma wiedzę o technologiach zarządzania oprogramowaniem bioinformatycznym (K_W02) - ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11) - potrafi tworzyć zaawansowane procedury analizy danych ( K_U03) - umie posługiwać się systemami do tworzenia procedur bioinformatycznych (K_U04) - potrafi w przystępny sposób opisać cel, założenia i algorytm procedury bioinformatycznej (K_U05) |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
oceny z prac domowych związanych z poszczególnymi laboratoriami oraz zespołowy projekt zaliczeniowy i prezentacja na wybrany temat |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/22" (zakończony)
| Okres: | 2022-02-21 - 2022-06-15 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Łukasz Kozłowski | |
| Prowadzący grup: | Łukasz Kozłowski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2022/23" (jeszcze nie rozpoczęty)
| Okres: | 2023-02-20 - 2023-06-18 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Łukasz Kozłowski | |
| Prowadzący grup: | Łukasz Kozłowski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.