Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego Nie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-718MWR Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia
chemia
fizyka
informatyka
matematyka

Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Pełny opis:

Treści kształcenia:

1. Zasady wizualizacji 3D. Przegląd technologii VR. Metody wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i dynamiki złożonych układów.

2. Podstawowe elementy specjalizowanej platformy VisNow (https://visnow.icm.edu.pl) służącej do analizy i manipulowania trójwymiarowymi obiektami, ze szczególnym uwzględnieniem układów (bio)molekularnych, (bio)medycznych oraz molekularnych pól. Praktyczne ćwiczenia z wykorzystaniem tego środowiska.

3. Siły molekularne na poziomie mikroskopowym (o atomowej zdolności rozdzielczej) i mezoskopowym (z wykorzystaniem efektywnych potencjałów dla całych grup molekularnych). Podstawy środowiska modelowania, wizualizacji i manipulowania strukturami (bio)molekularnymi, NAMD/VMD (https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/, https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Podstawy modelu sterowanej (interaktywnej) dynamiki molekularnej (”Steered Molecular Dynamics”) z uwzględnieniem sił generowanych przez badacza. Sterowana dynamika molekularna w zastosowaniach praktycznych.

4. Praktyczne zastosowania specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistości bazującego na manipulatorach 3D-systems (https://www.3dsystems.com/haptics-devices/touch/) .

5. Podstawy technologii druku 3D. Praktycznie zastosowania w drukowaniu złożonych układów (bio)molekularnych. Inne zastosowania metod VR.

Literatura:

Praca zbiorowa, ed. B. Lesyng, "Metody wirtualnej rzeczywistości w modelowaniu układów biomolekularych i nanoukładów". Kurs dydaktyczny Uniwersytetu Warszawskiego dla studiów II stopnia nauk przyrodniczych (wykłady i ćwiczenia).

NAMD user's guide

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/

VMD User's guide

https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/

Efekty uczenia się:

Umiejętności i kompetencje:

Zapoznanie studentów z podstawami teorii wizualizacji 3D oraz technologii systemów wirtualnej rzeczywistości. Nabycie praktycznych umiejętności zastosowań technik VR w badaniach struktury i funkcji układów (bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów.

Wiedza:

Zna podstawowe teorie oraz technologie wizualizacji 3D i systemów wirtualnej rzeczywistości (K_W05).

Umiejętności:

Potrafi stosować wizualizacji 3D i technik wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i funkcji układów (bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów

(K_U08).

Metody i kryteria oceniania:

Egzamin w formie pisemnego testu.

Praktyki zawodowe:

Praktyki można odbyć w Pracowni Bioinformatyki Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (zakończony)

Okres: 2021-02-22 - 2021-06-13
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogdan Lesyng
Prowadzący grup: Bogdan Lesyng
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.