Nie jesteś zalogowany | 
Genomika porównawcza
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1000-719GP2 | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
| Nazwa przedmiotu: | Genomika porównawcza | ||
| Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki | ||
| Grupy: |
Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
||
| Punkty ECTS i inne: |
6.00   zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
| Skrócony opis: |
Celem wykładu jest zapoznanie studenta wybranymi z modelami, algorytmami i narzędziami stosowanymi w genomice porównawczej ze szczególnym uwzględnieniem drzew i ich zastosowaniem w różnych kontekstach. Planowane ćwiczenia będą częściowo formie laboratorium komputerowego. |
||
| Pełny opis: |
1. Wprowadzenie. Podstawowe pojęcia, geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji (2 wykłady). 2. Modele ewolucji sekwencji (1 wykład) 3. Maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów (2 wykłady) 4. Metody bayesowskie (1-2 wykłady) 5. Drzewa konsensusowe i superdrzewa (2 wykłady) 6. Metody klastrowania hierarchicznego (1 wykład) 7. Drzewa uzgadniające, sieci filogenetyczne, horyzontalny transfer (2-3 wykłady). 8. Drzewa i tablice sufiksowe (1-2 wykłady). |
||
| Literatura: |
1. Inferring Phylogenies Joseph Felsenstein 2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, 3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, . |
||
| Efekty uczenia się: |
ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04) potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07) |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
Projekt lab – razem 33 pkt. (wymagane 15) Bonusy lab za zadania realizowane na labach – łącznie do 10 pkt. Egzamin - 60 pkt. Poziom zaliczenia - ok. 60 pkt. Termin zerowy jeśli jest zaliczony projekt lab i >=50% bonusów lab. |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (zakończony)
| Okres: | 2021-10-01 - 2022-02-20 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Paweł Górecki | |
| Prowadzący grup: | Paweł Górecki | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/23" (jeszcze nie rozpoczęty)
| Okres: | 2022-10-01 - 2023-01-29 |
zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Paweł Górecki | |
| Prowadzący grup: | Paweł Górecki | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.