Drukuj sylabusKomputerowe wspomaganie projektowania leków
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1200-2CHMMO1W1 |
| Kod Erasmus / ISCED: |
13.3
|
| Nazwa przedmiotu: | Komputerowe wspomaganie projektowania leków |
| Jednostka: | Wydział Chemii |
| Grupy: |
Moduł 1 Leki - od projektowania do wdrożenia (S2-PRK-CHM) |
| Punkty ECTS i inne: |
1.50
|
| Język prowadzenia: | polski |
| Kierunek podstawowy MISMaP: | biologia |
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
| Założenia (lista przedmiotów): | Modelowanie molekularne dla projektowania leków 1200-1CHMMOW6 |
| Założenia (opisowo): | Znajomość podstawowych metod modelowania i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych. |
| Tryb prowadzenia: | mieszany: w sali i zdalnie |
| Skrócony opis: |
Wykład ma na celu przedstawienie założeń i ogólnej charakterystyki komputerowych metod projektowania leków. Zwrócona zostanie szczególna uwaga na dokowanie molekularne, w tym z wykorzystaniem dużych baz danych związków chemicznych, jako podstawowa metoda stosowana w projektowaniu leków. |
| Pełny opis: |
Na wykładzie będą omawiane założenia metod projektowania leków i przykłady ich wykorzystania. Aby pokazać szerszy kontekst zastosowania tych metod zostanie zrobiony przegląd różnorodnych celów molekularnych (białek, DNA, RNA) z ligandami/lekami w celu porównania ich konformacji bioaktywnych, roli poszczególnych oddziaływań w energii wiązania leku, roli cząsteczek wody oraz roli entropii w procesie wiązania leku. Zostanie przedstawiony typowy eksperyment vHTS (virtual high-throughput screening) i jego poszczególne składowe tj. dokowanie molekularne z przeglądem algorytmów i oprogramowania, wykorzystanie baz cząstek chemicznych, ocena konformacji ligand-receptor wykorzystując różnorodne metody oceny, macierz błędu, krzywe ROC, AUC oraz współczynnik wzbogacenia (enrichment factor). Oprócz tego, zostaną zaprezentowane metody uczenia maszynowego w projektowaniu leków, oraz metoda FEP (free energy perturbation) do dokładnego wyznaczania różnic w sile wiązania leków. Omówione zostaną także metody stosowane w przypadku braku znajomości struktury celu molekularnego, oparte na właściwościach samych ligandów (farmakofor), projektowanie leków peptydowych i peptydomimetyków, oraz właściwości i projektowanie przeciwciał. |
| Literatura: |
Literatura zalecana: 1. Graham L. Patrick, “An introduction to medicinal chemistry”, Oxford University Press, 2009; lub nowsza. 2. Graham L. Patrick, „Chemia medyczna. Podstawowe zagadnienia”, WNT, Warszawa, 2003; lub nowsza. |
| Efekty uczenia się: |
Wiedza: student zna i rozumie główne metody stosowane przy projektowaniu leków. Zna ograniczenia poszczególnych metod, w zakresie ich dokładności i szybkości. Wykorzystuje swą wiedzę do wyboru właściwych metod, lub ich kombinacji, skierowanych na wybrane cele molekularne. Umiejętności: student potrafi sformułować hipotezę badawczą, dokonywać krytycznej analizy wyników, oraz wnioskować na ich podstawie. Kompetencje społeczne: student rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy; potrafi wykorzystywać nabytą wiedzę w innych, pokrewnych dziedzinach. |
| Metody i kryteria oceniania: |
Wymagania związane z uczestnictwem w zajęciach - brak. Dopuszczalna liczba nieobecności usprawiedliwionych – 1 na 7 wykładów. Egzamin testowy z ok. 50% pytań zamkniętych i 50% pytań otwartych - tak samo dla zaliczenia poprawkowego. Wymagane minimum 50% poprawnych odpowiedzi do zaliczenia. |
| Praktyki zawodowe: |
Nie dotyczy |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)
| Okres: | 2024-02-19 - 2024-06-16 |
 
PN WT ŚR WYK
CZ PT |
| Typ zajęć: |
Wykład, 15 godzin
|
|
| Koordynatorzy: | Sławomir Filipek | |
| Prowadzący grup: | Sławomir Filipek | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
