Przedmioty w rejestracji Rejestracja na przedmioty z semestru letniego 2020/21 1000-2020L

W ramach wykładu studenci zapoznają się z budową białek enzymatycznych, mechanizmami katalizy oraz kinetyką enzymatyczną. W części laboratoryjnej zostaną przedstawione techniki i metody przydatne w pracy z enzymami w warunkach in vitro i in silico

Od przybliżenia Borna-Oppenheimera do mechanicznego modelu układów (bio)molekularnych. Wyznaczanie stabilnych stanów struktury - lokalne i globalne metody minimalizacji energii. Ruchy molekularne - mikroskopowa dynamika molekularna i mezoskopowa dynamika brownowska. Metody Monte-Carlo oraz symulacje energii swobodnej. Fizyka i procesy ewolucji molekularnej. Mechanizmy tworzenia się uporządkowanych biomolekularnych struktur. Mechanizmy rozpoznawania się układów biomolekularnych. Biomolekularne maszyny i układy złożone.

Zapoznanie się ze strukturą większych projektów bioinformatycznych. Studenci tworzą wspólnie większy projekt, zapoznają się z systemami kontroli wersji i współpracy w zespole. Omawiają historię powstania i rozwoju wiodących bibliotek oprogramowania bioinformatycznego. Dyskutują na temat możliwych opcji wyboru licencji pod jaką oprogramowanie jest udostępniane. Omawiają rolę oprogramowania o dostępnym kodzie źródłowym dla reprodukowalności wyników badań.

Modele i wnioskowanie w obliczeniowej biologii molekularnej, ze szczególnym uwzględnieniem wykorzystania statystyki i metod uczenia maszynowego do zrozumienia złożonych systemów.