Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego Nie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Bioinformatyka praktyczna

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-126BP Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka praktyczna
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU
Przedmioty KIERUNKOWE, BIOTECHNOLOGIA, I stopień
Punkty ECTS i inne: 6.00
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne

Założenia (opisowo):

Zajęcia mają za zadanie zaznajomienie studentów z podstawami programowania (bash, R, python) i technikami bioinformatycznymi służącymi obróbce danych biologicznych na poziomie pojedynczych sekwencji, oraz genomów i transkryptomów.

Na zajęciach z Bioinformatyki praktycznej nacisk położony będzie na pracę z sekwencjami, od etapu uzyskania surowych danych, poprzez analizę ich jakości, składanie genomów i transkryptomów, ich adnotację funkcjonalną, aż do bardziej zaawansowanych analiz umożliwiających odpowiadanie na pytania biologiczne. Program zajęć przygotuje studentów do pracy w linii poleceń oraz pisania i korzystania z prostych skryptów ułatwiających pracę z danymi biologicznymi. Studenci zapoznają się również z wybranymi zasobami internetowymi, które pozwolą na bardziej dogłębną analizę danych, w tym adnotację funkcjonalną. Zaprezentujemy również, na poziomie podstawowym, bardziej zaawansowane analizy, takie jak analiza ekspresji genów, metegenomika i analiza amplikonów, analiza SNP i elementy genomiki porównawczej oraz analizy filogenetyczne.


Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Postęp w bioinformatyce oraz technologiach sekwencjonowania wysokoprzepustowego ma ogromny wpływ na rozwój biologii i biotechnologii. Celem zajęć z Bioinformatyki praktycznej jest przygotowanie studentów do pracy z danymi z sekwencjonowania wysokoprzepustowego oraz wykorzystywania narzędzi bioinformatycznych w ich późniejszej pracy. Studenci zaznajomią się z podstawami programowania i technikami bioinformatycznymi wykorzystywanymi w analizach sekwencji, od obróbki surowych danych, poprzez składanie genomów i transkryptomów, do analiz filogenetycznych, metagenomicznych, czy też genomiki porównawczej. Zajęcia te są uzupełnieniem zajęć z Bioinformatyki, o treści związane z analizami danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego oraz o analizy na poziomie genomów i transkryptomów.

Pełny opis:

Każde zajęcia poprzedzone będą krótkim wprowadzeniem teoretycznym, ale większość czasu będzie poświęcona na samodzielną pracę i rozwiązywanie problemów pod okiem prowadzących.

Zagadnienia poruszane w takcie zajęć obejmą:

1. Podstawy programowania: bash, python i R.

2. Wprowadzenie do obróbki danych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS): wprowadzenie podstaw metodyki sekwencjonowania na przykładzie platformy Illlumina, format fastq, analiza jakości danych, przygotowanie danych do składania i dalszych analiz, składanie genomów i transkryptomów, ocena jakości złożenia, ocena pokrycia (formaty bam i sam), ocena czystości i kompletności złożenia.

3. Podstawy analizy genomów. Analizy całych genomów, np. uliniowienie całych genomów, wykrywanie dużych rearanżacji. Podstawowe metody adnotacji: przewidywanie genów oraz adnotacja funkcjonalna na podstawie homologii. Formaty danych bed i gff. Podstawowe kategorie opisujące cechy i funkcje genów i białek (np. kategorie GO, COG, KEGG, numery EC). Wizualizacja danych genomowych.

4. Wprowadzenie do zaawansowanych analiz z wykorzystaniem danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, w tym genomika porównawcza, metegenomika i analiza amplikonów.

5. Podstawy filogenetyki. Przyrównania sekwencji, ocena jakości przyrównania, metody przycinania przyrównania, analizy filogenetyczne (ML, MB), analizy filogenomiczne.

UWAGA: poszczególne tematy będą realizowane na więcej niż jednych zajęciach.

Literatura:

Bioinfromatyka i ewolucja molekularna. Paul G. Higgs i Teresa K. Attwood. Tłumaczenie K. Murzyn, P. Liguziński, M. Kurdziel. PWN, Warszawa, 2011.

Bioinformatyka: Podręcznik do analizy genów i białek, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Tłumaczenie: M. Cebrat, J. Leluk, P. Mackiewicz, PWN, Warszawa, 2005, lub późniejsze wydania.

Efekty uczenia się:

WIEDZA

1. (K_W01) Ma elementarną wiedzę w obszarze bioinformatyki oraz rozumie jej związki i zależności z innymi dyscyplinami przyrodniczymi

2. (K_W02) Wykazuje znajomość podstaw bioinformatyki, kategorii pojęciowych i terminologii wykorzystywanej w bioinformatyce oraz znajomość rozwoju metod badawczych w tej dziedzinie

3. (K_W03) Wykorzystuje narzędzia matematyczne wykorzystywane w bioinformatyce do opisu zjawisk biologicznych

4. (K_W04) Wykazuje znajomość podstawowych technik i narzędzi wykorzystywanych w bioinformatyce do badania zjawisk przyrodniczych

5. (K_W08) Zna podstawy technik informatycznych i wykorzystuje narzędzia informatyczne do pozyskiwania informacji i przetwarzania tekstów dotyczących bioinformatyki

UMIEJĘTNOŚCI

1. (K_U01) Stosuje podstawowe techniki, właściwe dla bioinformatyki

2. (K_U02) Wykazuje umiejętność czytania ze zrozumieniem literatury fachowej dotyczącej bioinformatyki w języku nowożytnym (angielskim)

3. (K_U03) Wykazuje umiejętność wykorzystania dostępnych źródeł informacji na temat bioinformatyki, w tym ze źródeł elektronicznych

4. (K_U05) Stosuje, na poziomie podstawowym, metody matematyczne i statystyczne do opisu zjawisk i analizy danych wykorzystywanych w bioinformatyce

KOMPETENCJE SPOŁECZNE

1. (K_K02) Rozwija akceptującą postawę wobec metod matematycznych i statystycznych stosowanych w bioinformatyce

2. (K_K03) Wykazuje odpowiedzialność za własną pracę i powierzony sprzęt; wykazuje poszanowanie pracy własnej i innych

3. (K_K06) Rozumie potrzebę przekazywania społeczeństwu informacji o nowych osiągnięciach bioinformatyki i potrafi przekazać te informacje w sposób zrozumiały

Metody i kryteria oceniania:

Egzamin pisemny. Wymagana obecność na zajęciach (dopuszczalne dwie nieobecności podczas cyklu zajęć).

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (zakończony)

Okres: 2021-02-22 - 2021-06-13
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 60 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Karnkowska
Prowadzący grup: Przemysław Decewicz, Łukasz Dziewit, Mikołaj Dziurzyński, Anna Karnkowska, Rafał Milanowski, Julia Pawłowska
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Ćwiczenia - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Egzamin
Uwagi:

Szanowni Państwo,

W roku akademickim 2020/2021 zajęcia z przedmiotu Bioinformatyka praktyczna będą prowadzone w trybie zdalnym. Dalsze szczegółowe informacje będą sukcesywnie przekazywane drogą mailową, a także za pomocą platformy edukacyjnej przeznaczonej do prowadzenia zajęć z tego przedmiotu (Kampus2).

Z wyrazami szacunku,

Anna Karnkowska, koordynatorka zajęć

a.karnkowska@uw.edu.pl

________________________________________________

Warunki przyjęcia:

Wymagane zaliczenie przedmiotu Informatyka lub równoważnego, brana pod uwagę będzie ocena z ćwiczeń i z egzaminu.

Poza tym prosimy o informację o kierunku studiów oraz etapie studiów i miejscu wykonywania pracy licencjackiej.

Informacje o ocenach i preferencjach grup należy przesyłać na adres rejestracjanazajecia@biol.uw.edu.pl, zgodnie z instrukcją umieszczoną na stronie http://www.biol.uw.edu.pl/, w sekcji studia w zakładce SIATKA ZAJĘĆ REJESTRACJA ELEKTRONICZNA.

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.