Methods of structural biology

General data

Course ID:	1000-717MBS
Erasmus code / ISCED:	11.945 The subject classification code consists of three to five digits, where the first three represent the classification of the discipline according to the Discipline code list applicable to the Socrates/Erasmus program, the fourth (usually 0) - possible further specification of discipline information, the fifth - the degree of subject determined based on the year of study for which the subject is intended. / (0619) Information and Communication Technologies (ICTs), not elsewhere classified The ISCED (International Standard Classification of Education) code has been designed by UNESCO.
Course title:	Methods of structural biology
Name in Polish:	Metody biologii strukturalnej
Organizational unit:	Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics
Course groups:	(in Polish) Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka Specific programme courses of 2nd stage Bioinformatics
ECTS credit allocation (and other scores):	(not available) Basic information on ECTS credits allocation principles: the annual hourly workload of the student’s work required to achieve the expected learning outcomes for a given stage is 1500-1800h, corresponding to 60 ECTS; the student’s weekly hourly workload is 45 h; 1 ECTS point corresponds to 25-30 hours of student work needed to achieve the assumed learning outcomes; weekly student workload necessary to achieve the assumed learning outcomes allows to obtain 1.5 ECTS; work required to pass the course, which has been assigned 3 ECTS, constitutes 10% of the semester student load. view allocation of credits
Language:	Polish
Type of course:	obligatory courses
Short description:
Full description:	(in Polish) Podstawowe pojęcia krystalograficzne takie jak symetria, grupy punktowe i przestrzenne, podstawy teorii dyfrakcji (prawo Bragga, czynnik struktury), metody krystalizacji, klasyczne metody rentgenograficzne, tok analizy strukturalnej w tym: badania wstępne, wykonanie pomiarów, czynniki wpływające na intensywność wiązki ugiętej, problem fazowy, rozwiązanie struktury, udokładnienie struktury, walidacja modelu struktury, interpretacja danych strukturalnych. Przypomnienia fizycznych podstaw spektroskopii optycznej, m.in. absorpcji fali EM przez materię, oraz matematycznego opisu pasma spektralnego. Zakres zastosowań spektroskopii w podczerwieni, widm Ramana oraz dichroizmu kołowego w badaniach struktur białek i kwasów nukleinowych oraz problem nakładania się wielu sygnałów spektralnych pochodzących od różnych komponentów chemicznych i konformacyjnych biopolimerów.Metody analizy widm, m.in. dekonwolucja, określanie udziału struktur drugorzędowych białek przez „fitowanie” ich widm wibracyjnych, analiza głównych składowych, metoda 2DCOS FT-IR. Zastosowania wysokorozdzielczej spektroskopii NMR w biologii. Wykorzystanie widm 2D do wyznaczenia struktury peptydów. Wykorzystanie widm 3D NMR w przypisywaniu sygnałów łańcucha głównego w białku. Przypisywanie łańcuchów bocznych. Więzy strukturalne dostępne z widm NMR. Wykorzystanie przesunięć chemicznych do przewidzenia struktury białka. Obliczenia strukturalne w przestrzeni kątów torsyjnych.
Bibliography:
Learning outcomes:	(in Polish) - zna zasady bezpieczeństwa i higieny pracy w stopniu pozwalającym na samodzielną pracę na stanowisku badawczym (K_W10) - potrafi przetwarzać dane eksperymentalne w celu wyznaczania istotnych strukturalnych i fizykochemicznych cech badanych układów (K_U06)
Assessment methods and assessment criteria:	(in Polish) Egzamin ustny obejmujący tematy poruszane na wykładzie i ćwiczeniach.

This course is not currently offered.

Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.