Technologie w skali genomowej 2

1. Sekwencjonowanie nowej generacji:

- różne technologie sekwencjonowania i ich dane wyjściowe,

- zastosowania: sekwencjonowanie znanych genomów i ich wyselekcjonowanych próbek (transkryptomy, egzomy, immunoprecypitacja), sekwencjonowanie "de novo", sekwencjonowanie "metagenomów",

- projektowanie eksperymentów i kontrola jakości wyników.

2. Problemy algorytmiczne i ich typowe rozwiązania:

- asemblacja sekwencji na podstawie krótkich odczytów (m.in. zastosowania grafów deBruijna),

- odwzorowanie sekwencji na genomy (m.in. transformata Burrows'a-Wheeler'a i indeks Ferraginy-Manzini'ego),

- wykrywanie i reprezentacja osobniczych różnic w genomach (analiza pojedynczych mutacji oraz zaburzeń liczby kopii w różnego rodzaju danych genomowych)..

3. Problemy związane z szacowaniem różnic pomiędzy eksperymentami:

- różnicowa analiza ekspresji genów w RNA-seq,

- wykrywanie microRNA i long-non-coding-RNA w danych z sekwencjonowania.

Wiedza:

- znajomość typowych technik całogenomowych nowej generacji

- znajomość podstawowych rozkładów statystycznych opisujących nowoczesne pomiary na skalę genomową i algorytmów do ich analizy

Umiejętności:

- umiejętność wyboru właściwej techniki do zastosowania w danym problemie biologicznym.

- umiejętność właściwiego zaprojektowania eksperymentów z

wykorzystaniem technologii wielkoskalowych

genomicznych i proteomicznych oraz analiza otrzymanych

danych (K_U15)

- umiejętność wyboru modelu statystycznego do reprezentacji wyniku eksperymentu

- umiejętność implementacji wybranych algorytmów do analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji

Kompetencje:

- zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia, w tym zdobywania wiedzy pozadziedzinowej (K_K01)

- rozumie konieczność systematycznej pracy nad projektami informatycznymi (K_K02)