Technologie w skali genomowej 2
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1000-719bTG2 | Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Technologie w skali genomowej 2 | ||
Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki | ||
Grupy: |
Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
||
Punkty ECTS i inne: |
6.00 ![]() |
||
Język prowadzenia: | polski | ||
Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
Skrócony opis: |
Algorytmiczne i statystyczne aspekty nowoczesnych technik w skali genomowej. Zalety i ograniczeniamia różnych technik sekwencjonowania. Przykłady problemów i typowych dla nich metod algorytmicznych (m.in. grafy de Bruijna, transformacja Barrows'a Wheeler'a) i statystycznych (np. analiza różnic w populacji, testowanie hipotez). |
||
Pełny opis: |
1. Sekwencjonowanie nowej generacji: - różne technologie sekwencjonowania i ich dane wyjściowe, - zastosowania: sekwencjonowanie znanych genomów i ich wyselekcjonowanych próbek (transkryptomy, egzomy, immunoprecypitacja), sekwencjonowanie "de novo", sekwencjonowanie "metagenomów", - projektowanie eksperymentów i kontrola jakości wyników. 2. Problemy algorytmiczne i ich typowe rozwiązania: - asemblacja sekwencji na podstawie krótkich odczytów (m.in. zastosowania grafów deBruijna), - odwzorowanie sekwencji na genomy (m.in. transformata Burrows'a-Wheeler'a i indeks Ferraginy-Manzini'ego), - wykrywanie i reprezentacja osobniczych różnic w genomach (analiza pojedynczych mutacji oraz zaburzeń liczby kopii w różnego rodzaju danych genomowych).. 3. Problemy związane z szacowaniem różnic pomiędzy eksperymentami: - różnicowa analiza ekspresji genów w RNA-seq, - wykrywanie microRNA i long-non-coding-RNA w danych z sekwencjonowania. |
||
Literatura: |
"Large-scale Genome sequence processing" M. Kasahara i S. Morishita, Imperial College Press, 2006 "Bioinformatics for HIgh Throughput Sequencing" M. Rodrigez-Ezpeleta, M. Hackenbetrg i A.M. Aransay, Springer, 2012 |
||
Efekty uczenia się: |
Wiedza: - znajomość typowych technik całogenomowych nowej generacji - znajomość podstawowych rozkładów statystycznych opisujących nowoczesne pomiary na skalę genomową i algorytmów do ich analizy Umiejętności: - umiejętność wyboru właściwej techniki do zastosowania w danym problemie biologicznym. - umiejętność właściwiego zaprojektowania eksperymentów z wykorzystaniem technologii wielkoskalowych genomicznych i proteomicznych oraz analiza otrzymanych danych (K_U15) - umiejętność wyboru modelu statystycznego do reprezentacji wyniku eksperymentu - umiejętność implementacji wybranych algorytmów do analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji Kompetencje: - zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia, w tym zdobywania wiedzy pozadziedzinowej (K_K01) - rozumie konieczność systematycznej pracy nad projektami informatycznymi (K_K02) |
||
Metody i kryteria oceniania: |
Podczas laboratorium, studenci będą pracować nad projektami zaliczeniowymi związanymi z analizą danych z sekwencjonowania. Ocena końcowa jest pochodną oceny z projektu i egzaminu ustnego. |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2021/22" (zakończony)
Okres: | 2021-10-01 - 2022-02-20 |
![]() |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin ![]() Wykład, 30 godzin ![]() |
|
Koordynatorzy: | Norbert Dojer | |
Prowadzący grup: | Norbert Dojer, Magdalena Machnicka | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Egzamin |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/23" (jeszcze nie rozpoczęty)
Okres: | 2022-10-01 - 2023-01-29 |
![]() |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin ![]() Wykład, 30 godzin ![]() |
|
Koordynatorzy: | Norbert Dojer, Aleksander Jankowski | |
Prowadzący grup: | Norbert Dojer, Aleksander Jankowski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.