Wstęp do biologii obliczeniowej

1. Wprowadzenie "biologiczne": podstawowe wiadomości na temat biologii molekularnej; budowa kwasów nukleinowych i białek; główne procesy zachodzące w komórce (2 wykłady).

2. Analiza sekwencji molekularnych: algorytmy uliniowienia dwóch sekwencji (uliniowienie lokalne i globalne) (2 wykłady).

3. Matematyczne modele ewolucji molekularnej: Model Jukes-Cantora, Kimury dla sekwencji DNA, tablice substytucyjne aminokwasów dla białek: PAM, BLOSUM, statystyczna istotność uliniowień (3 wykłady).

4. Ukryte modele Markowa i ich zastosowania - algorytmy Viterbiego I Bauma Welsha. (2 wykłady).

5. Uliniowienie wielu sekwencji (programowanie dynamiczne, `star alignment', `tree alignment'), efektywne heurystyki: CLUSTALW, Tcoffee, MAFFT. (2 wykłady).

6. Uliniowienie na skalę całych genomów. (1 wykład).

7. Wstęp do filogenetyki. (2 wykłady).

W przypadku braku studentów obcojęzycznych, zajęcia będą prowadzone po polsku.

Wiedza:

1. Ma ogólna wiedzę o problemach biologii obliczeniowej.

2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzedzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych.

Umiejętności:

1. Potrafi wykonać proste analizy bioinformatyczne dla sekwencji molekularnych.

2. Potrafi wykorzystywać zaawansowane narzędzia bioinformatyczne.

Kompetencje:

1. Zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia (K_K01)

2. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K05)

3. Potrafi korzystać z interdyscyplinarnej literatury