Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Molecular techniques of RNA analysis

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-225ZMTA-en
Kod Erasmus / ISCED: 13.104 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0511) Biologia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Molecular techniques of RNA analysis
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU
Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Przedmioty specjalizacyjne, BIOTECHNOLOGIA, BIOTECHNOLOGIA MOLEKULARNA, II stopień
Strona przedmiotu: https://igib.uw.edu.pl/index.php/start2/dydaktyka/fakultety-dla-studentow-i-i-ii-stopnia/molekularne-techniki-analizy-rna/
Punkty ECTS i inne: 9.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: angielski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia
biotechnologia

Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne
nieobowiązkowe

Skrócony opis:

Przedmiot jest skierowany do studentów wszystkich kierunków Wydziału Biologii UW oraz MISMaP, zainteresowanych metabolizmem RNA oraz nowoczesnymi, molekularnymi technikami wykorzystywanymi w badaniu RNA.

Pełny opis:

1. Podstawy pracy z RNA. Izolacja RNA z drożdży i z roślin.

2. Ocena jakości RNA. Rozdział w żelach. Radioizotopowe i fluorescencyjne metody detekcji RNA. Detekcja miRNA u roślin - wprowadzenie. Detekcja miRNA u roślin, technika Northern-blot (1) z rozdziałem RNA w żelu poliakrylamidowym.

3. Technika Northern-blot (1): hybrydyzacja z sondą oligonukleotydową znakowaną biotyną. Płukania, skan i analiza wyników. Wykrywanie transkryptów CUT u drożdży: technika Northern-blot (2) z rozdziałem RNA w żelu agarozowym.

4. Detekcja CUT u drożdży: znakowanie sondy metodą "asymetryczny PCR" i hybrydyzacja. Analiza obrazu w nauce.

5. Detekcja CUT u drożdży: omówienie wyników hybrydyzacji Northern-blot (2). Analiza końców 3' małych jąderkowych RNA (snoRNA) przy pomocy cRT-PCR. Cięcie Rnazą H dupleksów RNA-oligonukleotyd i ligacja (cyrkularyzacja) RNA.

6. Analiza końców 3' snoRNA: RT + PCR.

7. cRT-PCR: rozdział produktów w żelu i omówienie ich sekwencjonowania. Wykrywanie mRNA metodą RT-qPCR. Projektowanie starterów do qPCR - teoria i praktyka. Konkurs na najwydajniejszą parę starterów, tzn. każdy student zaprojektuje przynajmniej 1 parę starterów, która zostanie zamówiona i przetestowana na następnych zajęciach.

8. Przeprowadzenie reakcji qPCR: testowanie zaprojektowanych starterów dla wybranych genów.

9. Analiza wyników reakcji qPCR. Eksploracyjna analiza danych transkryptomicznych - wprowadzenie.

10. Oznaczenia biochemiczne aktywności enzymów degradujących RNA. Analiza aktywności rybonukleolitycznych różnych wersji białka Dis3 - głównej podjednostki katalitycznej kompleksu egzosomu; badanie wrażliwości aktywności egzorybonukleolitycznej 5'-3' białka Xrn1 na status fosforylacji końca 5' substratu; reakcje degradacji syntetycznych oligonukleotydów RNA znakowanych fluorescencyjnie, rozdział produktów reakcji w denaturującym żelu poliakryloamidowym.

11. Eksploracyjna analiza danych transkryptomicznych i translatomicznych pochodzących z eksperymentów opartych na RNA-seq - ćwiczenia bioinformatyczne.

12. EMSA. Oddziaływania białka - kwasy nukleinowe. Wiązania drożdżowego białka Nsi1 z rDNA. Fluorescencyjny "gel-shift" (inkubacja prób, rozdział w natywnym żelu poliakrylamidowym, skan).

13. Prezentacje studentów na zaliczenie ćwiczeń.

Literatura:

Skrypt do zajęć oraz podręczniki „Genomy” T. Brown, „Genetyka molekularna” red. P. Węgleński, „Podstawy biologii molekularnej” L. A. Allison; literatura uzupełniająca: publikacje naukowe (doświadczalne i przeglądowe) wskazane w trakcie zajęć przez prowadzących; „Molecular Cloning: A Laboratory Manual” J. Sambrook i D. Russel 3-cia edycja lub 4-ta edycja M. R. Green and J. Sambrook.

Efekty uczenia się:

Ma wiedzę na temat metabolizmu RNA u Eukariota.

Zna etapy ekspresji różnych klas RNA, ze szczególnym naciskiem na procesy współ- i po-transkrypcyjne, potrafi podać przykłady oddziaływań RNA - białko oraz zaangażowania cząsteczek RNA w procesy fizjologiczne.

Ma wiedzę dotyczącą enzymów modyfikujących RNA.

Posiada wiedzę teoretyczną i praktyczną pozwalającą na interpretowanie zjawisk i procesów związanych z metabolizmem RNA w oparciu o wyniki doświadczalne.

Samodzielnie planuje i przeprowadza podstawowe typy doświadczeń.

Zna słownictwo dot. metabolizmu RNA zarówno w jęz. polskim jak i angielskim, potrafi komunikować się i podejmować dyskusję na tematy związane z metabolizmem RNA.

Zna teoretyczne podstawy technik molekularnych wykorzystywanych do badania RNA, w stopniu pozwalającym na zrozumienie publikacji naukowych z tej dziedziny.

Potrafi krytycznie analizować otrzymane dane i je rzetelnie prezentować, co przyczynia się do podtrzymywania etosu zawodowego i rozwija zasady etyki zawodowej.

Językowe efekty uczenia się:

Wykorzystuje w sposób biegły naukowe i popularnonaukowe teksty biologiczne w języku ojczystym i angielskim oraz komunikuje się w języku angielskim na poziomie B2+ (K_U03 Bi2).

Posiada umiejętność przygotowania i wygłoszenia wystąpień ustnych w języku polskim i angielskim, zgodnie z wymaganiami określonymi dla poziomu B2+ (K_U11 Bi2).

Wykazuje umiejętność posługiwania się językiem nowożytnym (angielskim) w stopniu umożliwiającym korzystanie z literatury naukowej i komunikację z cudzoziemcami (K_U02 Bt2).

Metody i kryteria oceniania:

Warunki zaliczenia ćwiczeń:

- zajęcia zaliczone mogą być jedynie, jeśli student uczestniczył w nie mniej jak 85% zajęć,

- ćwiczenia zaliczane są na ocenę, na którą składają się punkty uzyskane za prezentacje przedstawiane przez studentów, dotyczące publikacji naukowych, w których stosowano techniki badania RNA (waga w końcowej ocenie - 2/3) oraz punkty uzyskane z prac domowych (waga w końcowej ocenie - 1/3),

- temat końcowej prezentacji student wybiera spośród propozycji prowadzących, ewentualnie student sam może zaproponować publikację ale wybór zawsze musi być zatwierdzony przez koordynatora,

- prezentacje w stylu otwartym, tzn. dopuszczamy pytania w trakcie prezentacji ze strony prowadzących jak i pozostałych uczestników kursu.

Warunki egzaminu końcowego z całego przedmiotu:

- przedmiot zaliczany jest na ocenę,

- do egzaminu może przystąpić jedynie student, który zaliczył ćwiczenia,

- egzamin testowy: test jednokrotnego wyboru (4 warianty odpowiedzi na każde pytanie),

- aby zaliczyć egzamin student musi uzyskać nie mniej niż 50% punktów.

Praktyki zawodowe:

Nie są wymagane.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-01-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 60 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Michał Koper
Prowadzący grup: Łukasz Borowski, Anna Golisz-Mocydlarz, Michał Koper, Joanna Kufel, Rafał Tomecki, Monika Zakrzewska-Płaczek
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Egzamin
Uwagi:

Warunki przyjęcia na zajęcia

Pierwszeństwo w przyjmowaniu mają studenci I roku studiów MU w

szczególności studenci wykonujący prace magisterskie lub licencjackie w

Instytucie Genetyki i Biotechnologii UW.

Wymagane przedmioty - dla studentów I roku studiów MU:

1. Genetyka z inżynierią genetyczną D” (1400-114GEN);

2. Genetyka molekularna (1400-215GEBM) lub Biologia molekularna (1400-215BM) lub Biologia molekularna roślin (1400-216MR).

Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu).

Wymagane przedmioty - dla studentów III roku studiów I stopnia (licencjackich):

1. Genetyka z inżynierią genetyczną D (1400-114GEN);

2. Biochemia D (1400-113BCH).

Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu).

Informację o ocenie/ocenach i/lub preferencjach grup zajęciowych należy

uzupełnić na załączonym formularzu:

https://forms.gle/Jm6BzmqkMu7WQy1h7

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)

Okres: 2024-10-01 - 2025-01-26
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 60 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Michał Koper
Prowadzący grup: Łukasz Borowski, Anna Golisz-Mocydlarz, Michał Koper, Joanna Kufel, Rafał Tomecki, Monika Zakrzewska-Płaczek
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Egzamin
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę
Wykład - Egzamin
Uwagi:

Warunki przyjęcia na zajęcia

Pierwszeństwo w przyjmowaniu mają studenci I roku studiów MU w

szczególności studenci wykonujący prace magisterskie lub licencjackie w

Instytucie Genetyki i Biotechnologii UW.

Wymagane przedmioty - dla studentów I roku studiów MU:

1. Genetyka z inżynierią genetyczną D” (1400-114GEN);

2. Genetyka molekularna (1400-215GEBM) lub Biologia molekularna (1400-215BM) lub Biologia molekularna roślin (1400-216MR).

Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu).

Wymagane przedmioty - dla studentów III roku studiów I stopnia (licencjackich):

1. Genetyka z inżynierią genetyczną D (1400-114GEN);

2. Biochemia D (1400-113BCH).

Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu).

Informację o ocenie/ocenach i/lub preferencjach grup zajęciowych należy

uzupełnić na załączonym formularzu:

https://forms.gle/LkQQrfZxFgq1bxzcA

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
ul. Banacha 2
02-097 Warszawa
tel: +48 22 55 44 214 https://www.mimuw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.1.0.0-319af3e59 (2024-10-23)