(in Polish) Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka (course group defined by Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics)

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

(in Polish) Wykład opisuje związki pomiędzy logiką a automatami skończonymi. Punktem wyjścia jest klasyczne twierdzenie, że automaty skończone opisują dokładnie te języki, które można zdefiniować w logice monadycznej drugiego rzędu. Wykład omawia daleko idące rozszerzenia tego twierdzenia, dotyczące przede wszystkim obiektów nieskończonych, takich jak nieskończone słowa czy drzewa. Ważną rolę w teorii odgrywają pewne gry matematyczne, przede wszystkim tzw. gry parzystości, w których rozgrywka jest nieskończona.

• Lecture - 30 hours

(in Polish) Na wykładach zostaną przedstawione zagadnienia związane z procesem fotosyntezy, widzianym jako ciąg procesów umożliwiających, w oparciu o złożony, hierarchicznie zorganizowany układ strukturalny, wykorzystanie reakcji fotochemicznych. Zostaną omówione fizyczne podstawy procesów fotochemicznych, budowa strukturalna kompleksów białkowo-barwnikowych roślin i ich przestrzenna organizacja w błonach chloroplastów. Omówiona zostanie biogeneza i budowa chloroplastów oraz procesy związane z regulacją fotosyntezy. Szeroko zostaną przedstawione współczesne kierunki badań nad fotosyntezą, w tym modyfikacje tego procesu i zagadnienia sztucznej fotosyntezy.

• Lab - 60 hours
• Lecture - 30 hours

Contemporary evolutionary biology and ecology can hardly exist without molecular tools. These tools however differ from classic molecular applications. Studies in molecular ecology and evolution are focused on specific research topics, such as sources and mechanisms of the genetic differences between individuals or signatures of selection.

From technical point of view, studies of non-model species usually have to deal with difficult sources of DNA material, low material quantity or poor quality, problems with sample preservation and storage etc.

• Lecture - 30 hours

• Lecture - 30 hours

(in Polish) Treść zajęć: Cele i zasady monitoringu, monitorowanie kompleksowe. Systemy i techniki pomiarowe w monitoringu środowiska. Podstawowe wskaźniki i dopuszczalne normy stanu środowiska - powietrza, wody i gleby. Reprezentatywność laboratoriów, kalibracja i interkalibracja metodyk, certyfikacja materiałów odniesienia, archiwizacja prób, banki gatunków i materiałów środowiskowych. Monitoring powietrza, wód podziemnych i powierzchniowych oraz osadów, gleby i gruntów. Monitoring skażeń promieniotwórczych. Ocena stanu środowiska na podstawie występowania specyficznych gatunków oraz zmian ilościowych składników biocenozy. Gromadzenie i opracowywanie danych z monitoringu. Sieć monitoringu polskiego - powiązania z monitoringiem europejskim i światowym. Celem zajęć będzie poznanie metod dostarczających informacji o stanie środowiska na przykładzie oceny skażeń środowiskowych za pomocą monitoringu aparaturowego i biomonitoringu.

• Lab - 60 hours

• Lab - 60 hours
• Lecture - 30 hours

(in Polish) Celem zajęć jest wielokierunkowe podejście do zagadnień diagnozowania schorzeń pasożytniczych i odzwierzęcych, które pozwoli na wykształcenie w studentach umiejętności analitycznego i ukierunkowanego na wszechstronny rozwój myślenia przygotowującego do wykorzystania innowacyjnych rozwiązań w zakresie swoich specjalności zawodowych.

Podczas zajęć praktycznych, student będzie rozwiązywał problemy diagnostyczne, w oparciu o wiele narzędzi badawczych, z uwzględnieniem nowych technologii. Będzie dokonywał weryfikacji ich przydatności w zależności od czynników populacyjnych, środowiskowych i ekonomicznych niezbędnych do rozumienia zagadnień i problemów otaczającego świata. .

Nabyte umiejętności student będzie mógł wykorzystać w wielu dziedzinach swojej działalności, niezależnie od podejmowanego/kontynuowanego kierunku studiów.

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

This course presents a survey of more advanced methods of PDE theory: smoothness of solutions of elliptic equations, method of difference quotients, Fredholm theory, elements of Schauder theory and semigroup theory, variational methods.

• Lab - 30 hours
• Lecture - 30 hours

• Lab - 30 hours
• Lecture - 30 hours

The lecture aims to present central issues in modern functional programming in languages such as Haskell, Coq, Idris, especially focusing on usung types for program specification and verification.

• Lab - 70 hours
• Lecture - 20 hours

• Lab - 70 hours
• Lecture - 20 hours

The course focuses on new methods in molecular biology with potential applications in biotechnology. The lecture will introduce the students to the experimental part. The classes are divided into thematic blocks:

1. CRISPR

2. Protein as products

3. Intellectual Property in Biotechnology

The course covers the following list of tasks and topics:

- preparation of constructs for heterologous expression, alternative cloning methods (SLIC, GATEWAY), computer analysis of genes and genomes,

expression and purification of proteins with biotechnological applications,

- The CRISPR genome editing method, the construction of mutants using this method, and discussion of its applicative variants

- Elements of patent law with particular emphasis on biotechnology patents (so-called 'case study').

During the course, special attention will be paid to the student's work (or work in pairs), both in terms of practical and in silico experiments and terms of theoretical knowledge

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

This is an introductory course in algebraic geometry. The aim is to introduce students to algebraic varieties and their basic geometric properties. At the end of the course examples of applications of algebraic geometry will be shown.

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

Fundamental notions of the category theory, additive and abelian categories. Tensor product in the category of modules. Projective and injective modules, resolvents. Graded groups, chain complexes and their homologies.

Derived functors of Hom and of the tensor product. Presheaves, sheaves and their cohomologies.

Simplicial cohomologies and Cech cohomologies. Coverings and principal bundles; cohomological interpretation.

• Classes - 30 hours
• Lecture - 30 hours

Game theory was initiated by von Neumann and Morgenstern as a mathematical theory of rational behaviour. A game comprises description of possible moves and payoffs for each of the players. Typically, each player searches for a strategy maximizing her payoff. The rational behaviour of players is well described by the concept of Nash equilibrium.

• Lab - 30 hours
• Lecture - 30 hours

• Lab - 30 hours
• Lecture - 30 hours

Algorithmic problems and methods of analysis of high-throughput sequencing data and other large-scale experimental techniques of modern genomics. Topics will include the problems of mapping reads to reference genomes, reconstructing sequenced genomes from reads, classifying and quantifying reads. Methods handling data from different experiments and sequencing technologies, as well as approaches using different types of data together will be presented.

• Lab - 90 hours

• Lab - 90 hours

The course is directed to students who are interested in animal embryology and the possible application of embryonic cells and in vitro cultured embryonic stem cells in biological studies. The course consists of practical classes, which will familiarize students with experimental models such as mouse oocytes and embryos (control of cell divisions during meiosis, fertilization, regulation of gene expression in the embryo, regulative capacities of the mouse embryo and derivation of primary cultures of embryonic and foetal cells).

• Lecture - 30 hours

• Lecture - 30 hours

General mammalian histology. Embryonic development and organogenesis. Origin and function of mammalian tissues and cells.

• Seminar - 15 hours
• Lecture - 30 hours

(in Polish) Zajęcia kierowane są do studentów planujących w przyszłości wykonywanie prac na zwierzętach doświadczalnych lub chcących rozszerzyć swoją wiedzę odnośnie dobrostanu zwierząt.

Zajęcia maja na celu zapoznanie studentów z biologią gatunków zwierząt laboratoryjnych, zasadami chowu i hodowli, przygotowaniem do procedury, rozpoznawaniem właściwych dla gatunku oznak bólu, dystresu i cierpienia, zastosowaniem metod znieczulenia i uśmierzania bólu. Obejmują także regulacje prawne hodowli i wykorzystania zwierząt w procedurach.

Program zajęć jest zgodny z Rozporządzeniem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 5 maja 2015 r. w sprawie szkoleń, praktyk i staży dla osób, które w ośrodku wykonują niektóre czynności oraz pełnią niektóre funkcje związane z opieką nad zwierzętami i ich wykorzystywaniem do celów naukowych lub edukacyjnych.